在biojava中是否有任何方法可用于预测给定序列的二级结构？
如果不是，任何人都可以实施它？任何源代码？任何推荐的exe？
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我认为它在BioJava中不可用，但您可以做的是使用BioJava库（http://biojava.org/wiki/BioJava:CookBook3:NCBIQBlastService）或RCSB网页进行BLAST搜索，从BLAST搜索中可以找到具有3D结构的蛋白质。之后，您可以在suggestDomains(Structure s)包中使用LocalProteinDomainParser类的org.biojava.bio.structure.domain方法。域可能会给你一些关于二级结构的想法。
答案 1 :(得分：0)
我不认为生物垃圾中的序列存在二级结构预测。但是，根据DSSP算法，结构具有二级结构分配，请参阅https://github.com/biojava/biojava-tutorial/blob/master/structure/secstruc.md