Question

我想定义自己的分布函数，用于R中的fitdist或fitdistr函数。以fitdistrplus包中的fitdist为例。我定义了一个名为sgamma的自定义发行版，如下所示：

dsgamma<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1));}
qsgamma<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1));}
psgamma<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1));}
rsgamma<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1));}

我的问题是我应该定义这些功能。

如果上面的定义和声明是在顶级环境中进行的，那么我可以使用此分发函数调用fitdist。换句话说，我的脚本test1.R与以下内容将运行正常：

rm(list=ls())
require(fitdistrplus);
dsgamma<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1));}
qsgamma<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1));}
psgamma<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1));}
rsgamma<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1));}
x<-rgamma(100, shape=0.4, scale=1);
zfit<-fitdist(x, distr=dsgamma, start=list(shape=0.3));

现在，如果我将上述代码包装在一个函数中，它就不起作用了。见下面的test2.R：

rm(list=ls())
testfit<-function(x)
{
    require(fitdistrplus);
    dsgamma<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1));}
    qsgamma<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1));}
    psgamma<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1));}
    rsgamma<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1));}
    zfit<-fitdist(x, distr=dsgamma, start=list(shape=0.3));
    return(zfit);
}

x<-rgamma(100, shape=0.4, scale=1);
zfit<-testfit(x);

我收到以下错误：

Error in fitdist(x, distr = dsgamma, start = list(shape = 0.3)) : 
  The  dsgamma  function must be defined

请注意，如果我替换

，我仍会收到错误消息

zfit<-fitdist(x, distr=dsgamma, start=list(shape=0.3));

与

zfit<-fitdist(x, distr="sgamma", start=list(shape=0.3));

我猜关键问题是fitdist在哪里查找参数distr指定的函数。我非常感谢你的帮助。

Answer 1

好问题。出现此错误的原因是fitdistrplus包的作者使用exists()来检查函数所需参数的变体。

以下是fitdist和mledist函数代码的摘录。作者采用distr给出的值，并在全球环境和定义fitdist和mledist的环境中搜索适当的密度和概率函数。

if (!exists(ddistname,mode="function"))
    stop(paste("The ", ddistname, " function must be defined"))
pdistname <- paste("p", distname, sep = "")
if (!exists(pdistname,mode="function"))
    stop(paste("The ", pdistname, " function must be defined"))

这是有效存在的摘录：

此函数查看名称“x”是否具有绑定到它的值在指定的环境中。 如果'inherits'是'TRUE'和值找不到指定环境中的'x'，封闭搜索环境的帧直到名称“x”为止遇到。参见'环境'和'R语言定义' 有关环境结构及其结构的详细信息，请参见手册外壳

要了解有关原因存在的更多信息，请查看以下文章：http://adv-r.had.co.nz/Environments.html

基本上，fitdist和mledist不会在您正在创建的函数的环境中进行搜索，从而导致dsgamma（以及您定义的其他函数）不存在的错误。

使用<<-代替<-来定义testfit（）中的函数，可以最容易地规避这一点。这将全局定义您的子功能。

 > testfit<-function(x)
 +     {
 +             require(fitdistrplus);
 +                 dsgamma<<-function(x,shape){return(dgamma(x,shape,scale=1))}
 +                 qsgamma<<-function(p,shape){return(qgamma(p,shape,scale=1))}
 +                 psgamma<<-function(q,shape){return(pgamma(q,shape,scale=1))}
 +                 rsgamma<<-function(n,shape){return(rgamma(n,shape,scale=1))}
 +                 zfit<-function(x){return(fitdist(x,distr="sgamma" , start=list(shape=0.3)))};
 +                 return(zfit(x))
 +         }
!> testfit(x)
 Fitting of the distribution ' sgamma ' by maximum likelihood
 Parameters:
       estimate Std. Error
 shape 0.408349 0.03775797

您可以通过将envir = parent.frame（）添加到如下所示的存在检查中来更改fitdist的代码以在您的函数环境中搜索，但我不建议这样做。

if (!exists(ddistname,mode="function",envir=parent.frame()))

但是，由于fitdist调用mledist和mledist存在同样的问题，因此仍然无法解决您的问题。

 Error in mledist(data, distname, start, fix.arg, ...) (from #43) :
   The  dsgamma  function must be defined

要采用这种方法，您还必须更改mledist并告诉它在fitdistr的parent.frame中进行搜索。每次加载库时都必须进行这些更改。

在哪里定义与fitdist（fitdistrplus）或fitdistr（MASS）一起使用的分布函数？

1 个答案: