Question

您好我正在尝试使用linkage（）进行集群。这是我正在尝试的代码..

 Y = pdist(data);
 Z = linkage(Y);
 T = cluster(Z,'maxclust',4096);

我收到错误如下

The number of elements exceeds the maximum allowed size in
MATLAB.
Error in ==> linkage at 135
    Z = linkagemex(Y,method);

数据大小为56710 * 128。如何在小块数据上应用代码，然后以最佳方式合并这些集群？或问题的任何其他解决方案。

Answer 1

Matlab可能无法使用此算法对这么多对象进行聚类。

他们很可能在实施中使用距离矩阵。 56710个对象的成对距离矩阵需要56710 * 56709/2 = 1,607,983,695个条目，或者大约12 GB的RAM;最有可能还需要这方面的工作副本。有可能默认的Matlab数据结构没有准备好处理这么多的数据（你不想等待算法完成;这可能就是为什么他们＆＃34;允许＆＃34;只有一个一定数量）。

尝试使用子集，看看它的扩展程度。如果您使用1000个实例，它是否有效？计算需要多长时间？如果你增加到2000，需要多长时间？

在Matlab中进行聚类

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