R：无法分配大于x MB的内存

Question

我在R中有一个main函数，它调用其他文件来运行我的程序。我通过bat文件（.exe）调用主文件。当我逐行运行时，它运行没有内存错误，但是当我调用bat文件运行它时，它会停止并给我以下错误：

无法分配大于51 MB的内存。

我该如何避免这种情况？

Answer 1

R这样的内存限制对我们很多人来说是一个反复出现的噩梦。

通常问题是操作系统限制（通常可以在Bash或PowerShell命令行上更改），架构（32 v.64位）或者可用性限制连续自由RAM，无论总体可用内存如何。

很难说为什么某些东西在逐行运行时不会导致内存问题，但在以.bat运行时会达到内存限制。

你在运行什么版本的R？你们都安装了吗？运行.bat文件时，Rscript是否会调用32位，而您逐行运行64位版本？您可以使用R.Version()检查正在运行的R的版本。

您可以通过在R IDE /终端和.bat文件中运行命令memory.limit()来测试这一点（确保print或将结果保存为.bat文件中的对象）。您也可以在.bat文件中尝试设置 memory.limit()，因为它可能只有较小的默认值，可能是由于您调用的R配置文件中的差异您的IDE或终端与.bat文件。

如果架构不是导致内存错误，那么您还需要尝试其他几个问题排查步骤：

1. 使用以下方法检查两个环境（直接在R中和通过.bat进程）中的内存使用情况： sort( sapply(ls(),function(x){object.size(get(x))}))
2. 在脚本中显式运行垃圾收集器，即gc()命令
3. 检查所有对象大小，确保.bat进程中没有意外结果：sort( sapply(ls(),function(x){format(object.size(get(x)), units = "Mb")}))

4. 尝试内存分析：

   Rprof(tf <- "rprof.log", memory.profiling=TRUE)
   Rprof(NULL)
   summaryRprof(tf)
   

5. 虽然这是一个RAM问题，但为了更好地衡量，您可能需要检查可用的计算能力是否足够，并且在这两种运行代码的方式之间没有变化：parallel::detectCores()

6. 使用Hadley Wikham教授的lineprof工具检查您的表现（警告：需要devtools，并且不会在调用C编程语言的代码行上工作）

   引用虽然我从我自己的代码中提取这些代码段，但大多数代码最初来自其他相关的StackOverflow帖子，例如：

   1. Reaching memory allocation in R
   2. R Memory Allocation "Error: cannot allocate vector of size 75.1 Mb"
   3. R memory limit warning vs "unable to allocate..."
   4. How to compute the size of the allocated memory for a general type
   5. R : Any other solution to "cannot allocate vector size n mb" in R?

Answer 2

是的，你应该使用64位R，如果可以的话。

请参阅this question，以及R docs。