Question

正如标题所说，我有一个使用Rpy2并导入R文件的Python脚本。

R文件内容（名为r_code.R）：

test_function <- function(A)
{
    A <- as.vector(A)
    return(list(SUM=sum(A)))
}

Python文件内容（名为rpy2_test.py）：

import numpy as np
import rpy2.robjects as robjects
import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

robjects.r('''source('r_code.R')''')

r_test_function = robjects.globalenv['test_function']

def py_test_function(a):
    mc = r_test_function(a)
    return mc[0]

a = np.array([1,2,3,4,5])
mc = py_test_function(a)
print mc[0]

两个文件都在同一目录中。我键入＆＃34; python rpy2_test.py＆＃34;这是我的错误：

readLines中的错误（文件，警告= FALSE）： 5个参数传递给.Internal（readLines），需要6个 Traceback（最近一次调用最后一次）：文件＆＃34; rpy2_test.py＆＃34;，第7行，in robjects.r（＆＃39;＆＃39;＆＃39;源（＆＃39; r_code.R＆＃39;）＆＃39;＆＃39;＆＃39;）文件＆＃34; /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/ init .py＆＃34;，第246行，致电

res = self.eval（p）文件＆＃34; /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py" ;,第166行，致电

return super（SignatureTranslatedFunction，self）。调用（* args，** kwargs）文件＆＃34; /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/functions.py"，第99行，致电

res = super（功能，自我）。致电（* new_args，** new_kwargs） rpy2.rinterface.RRuntimeError：readLines中的错误（file，warn = FALSE）：

传递给.Internal（readLines）的5个参数需要6个

有趣的是，它不久前工作了，我的系统上没有任何改变（至少我不认为我有）。

Python版本：2.7.3

Numpy版本：1.8.0

Rpy2版本：2.4.4

R版本：3.0.2

Ubuntu：12.04.2

有什么想法吗？谢谢！

Answer 1

好吧，经过几个小时的挫折之后。

我过去编译了自己的R，但是这次它会编译/安装好但不会让我构建一些libs（然后会在rpy2中抛出错误）所以我卸载/清理/删除/删除了很多R文件尽我所能。还使用apt-get --purge删除以防旧版安装。

确保我的apt-get sources.list 文件列出了有效的镜像，然后是apt-get update。

然后 apt-get install r-base 让所有东西重新进入。

接着是 pip install rpy2 --upgrade （即使我尝试将其删除，不知何故它仍然像鞋子上的狗粪一样挂着，这意味着我无法做到全新安装）

回到商业。对于我的生活，我不知道为什么我的rpy2桥停止工作。

对这个问题没什么兴趣，所以我接受自己的答案并关闭它。也许它将来会帮助某人。

@cdeterman：也许是R版......谁知道！（仍为+1最佳建议）

更新：我有预感，或许可能是ubuntu更新以某种方式干扰了我的源代码安装。我很想知道其他人是否有过冲突。

RPy2导入R源函数会产生错误

1 个答案: