Rstudio中的Rstudio knit pdf loadNamespace（name）：没有名为'rmarkdown'的包

Question

我刚刚更新到Rstudio版本0.98.1074。当我尝试使用带脚本的编译笔记本或使用带有.rmd的Knit pdf时，我得到

  

loadNamespace错误：没有名为＆＃39; rmarkdown＆＃39;

的软件包

但我可以输入rmarkdown::render("filename.rmd")，它将呈现文档。我删除了rmarkdown并重新安装了RStudio，但没有帮助。我已经更新了我的所有套餐，并且我使用的是R3.1.1。

这是一个小小的不便，因为我有一个解决方法，但我想发布一个我无法找到的解决方案。

Answer 1

在Cygwin中尝试在Windows上使用Rmarkdown时，我收到了几乎完全相同的错误：

loadNamespace(name): there is no package called 'rmarkdown'

Rstudio中的一切都运行正常，但当我尝试在Cygwin中自动编写一些.Rmd文件时，它们无法正常工作。

我在Rstudio中的图书馆路径：

.libPaths()
[1] "C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3" "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library"

我在运行C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\R.exe时在Cygwin中报告的库路径：

.libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library"

问题：

• 当Rstudio以非管理员模式运行时，它无法向C:/Program Files/R/R-3.3.2/library写入任何内容，因为此目录是写保护的。
• 因此，Rstudio将新包写入用户配置文件目录，该目录可以自由写入。
• 但是，Cygwin并不知道用户的个人资料目录，因此无法找到所有新安装的软件包。

解决方案是在Cygwin中设置此环境变量：

export R_LIB=C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3

现在，Cygwin报告的路径是：

.libPaths()
[1] "C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3" "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library"

现在，我可以在Cygwin中调用bash脚本来自动编织.Rmd files。