Question

我正在尝试计算给定点与其最近邻居的x个数之间的平均距离，以了解数据集与其邻居的距离。虽然使用earth.dist()提供了所有点之间的全距离矩阵（和全局平均值），但我想找到一个点与其5个最近邻居之间的距离。例如：

frame <- data.frame(long = rnorm(100), lat = rnorm(100))
earth.dist(frame)
mean(earth.dist(frame))  # provides the global mean

任何和所有帮助到最近的邻居非常感谢。

Answer 1

要获得每个点的5个最近邻居，您可以

library(fossil)
set.seed(15)
frame <- data.frame(long = rnorm(100), lat = rnorm(100))
ed <- earth.dist(frame)
closen <- apply(as.matrix(ed), 1, function(x) order(x)[1:6][-1])

所以第一个点的最近邻居的索引是

closen[,1]
# [1] 41 26 13 75  7

Answer 2

我只是排序并取第一个的意思（除了自我距离）：

distM <- as.matrix( fossil::earth.dist(frame))
apply( distM, 1, function(x) mean( x[order(x)][2:6] ) )
#----------
        1         2         3         4         5         6         7 
 93.57153  56.06655 129.84690  95.13023  55.96412  70.57303  55.60863 
        8         9        10        11        12        13        14 
111.79244  17.56394  34.10893  21.80423  20.30025  29.57373  31.13890 
snipped

Answer 3

我也想出了如何使用lapply()来做到这一点。

distM <- as.matrix( fossil::earth.dist(frame))
unlist(lapply(1:nrow(distM), function(x) mean(distM[x, order(distM[x, ])[2:6]])))

计算R中点与最近邻居之间的平均距离

3 个答案: