在直方图上绘制垂直分位线

时间:2014-11-24 11:41:47

标签: r ggplot2 quantile

我目前使用R中的ggplot生成以下图:

数据存储在一个包含三列的数据框中:PDF(上图中的y轴),mids(x)和数据集名称。这是根据直方图创建的 我想要做的是为表示第95个分位数的每个数据集绘制一个颜色编码的垂直线,就像我在下面手动绘制的那样:

我尝试使用+ geom_line(stat="vline", xintercept="mean")但当然我正在寻找分位数,而不是平均值,而AFAIK ggplot不允许这样做。颜色很好。
我也试过+ stat_quantile(quantiles = 0.95),但我不确定它到底做了什么。文档非常稀缺。色彩也很好。

请注意,密度值非常低,低至1e-8。我不知道quantile()函数是否喜欢它。

据我所知,计算直方图的分位数与计算数字列表的分位数并不完全相同。我不知道它会有什么帮助,但HistogramTools包中包含一个ApproxQuantile()函数用于直方图分位数。

下面列出了最低工作示例。如您所见,我从每个直方图中获取数据帧,然后将数据帧绑定在一起并绘制出来。

library(ggplot2)
v <- c(1:30, 2:50, 1:20, 1:5, 1:100, 1, 2, 1, 1:5, 0, 0, 0, 5, 1, 3, 7, 24, 77)
h <- hist(v, breaks=c(0:100))
df1 <- data.frame(h$mids,h$density,rep("dataset1", 100))
colnames(df1) <- c('Bin','Pdf','Dataset')
df2 <- data.frame(h$mids*2,h$density*2,rep("dataset2", 100))
colnames(df2) <- c('Bin','Pdf','Dataset')
df_tot <- rbind(df1, df2)

ggplot(data=df_tot[which(df_tot$Pdf>0),], aes(x=Bin, y=Pdf, group=Dataset, colour=Dataset)) +
geom_point(aes(color=Dataset), alpha = 0.7, size=1.5)

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

预先计算这些值并分别绘制它们似乎是最简单的选择。使用dplyr执行此操作只需要很少的工作:

library(dplyr)
q.95 <- df_tot %>%
  group_by(Dataset) %>%
  summarise(Bin_q.95 = quantile(Bin, 0.95))

ggplot(data=df_tot[which(df_tot$Pdf>0),], 
       aes(x=Bin, y=Pdf, group=Dataset, colour=Dataset)) +
  geom_point(aes(color=Dataset), alpha = 0.7, size=1.5) + 
  geom_vline(data = q.95, aes(xintercept = Bin_q.95, colour = Dataset))

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