Question

我从JAGS收到以下错误：

Error in node Y[107]
Invalid parent values

从这些纯粹的信息中很难找出那里发生的事情。它是由这部分代码引起的：

pi[j,1] <- 1 - M[site[j]] * phi[j] * (1 - (1 - q[j])^6)
pi[j,2] <- M[site[j]] * phi[j] * (1 - q[j])^interval[j] * q[j]
pi[j,3] <- 1 - pi[j,1] - pi[j,2]
Y[j] ~ dcat(pi[j,])

打印出节点Y[107]的父值，即节点pi[107,]非常有用！这会给我非常明确的反馈，在哪里寻找错误！在JAGS中有这样的方式吗？

在JAGS手册的第3.2章中，JAGS谈到留下一些有用的jags.dumpN.R文件：

如果模型正确编译并初始化，则会发生错误在更新期间，然后将模型的当前状态转储到一个名为jags.dumpN.R的文件，其中N是链号。那你应该将转储的数据加载到R中以检查每个链的状态发生了错误。

但是，我不确定这是否适用于我的情况。所以我试着获取转储文件。由于我使用runjags::run.jags()来运行JAGS，我尝试在调试模式下运行它：

R> outRJ <- run.jags("tmp_bugs_model.txt", params, win.data, nc, inits,
      nb, ni - nb, thin = 1, summarise=TRUE, plot=FALSE, adapt = adapt, 
      modules = "glm",
      keep.jags.files = TRUE, method = "interruptible", 
      jags = "c:/Program Files/JAGS/JAGS-3.4.0/i386/bin/")

Running the simulation using the simple method... (output will be displayed once the
simulation has termianted)
Welcome to JAGS 3.4.0 on Thu Nov 27 10:33:49 2014
JAGS is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY
Loading module: basemod: ok
Loading module: bugs: ok
. Loading module: glm: ok
. . Reading data file data.txt
. Compiling model graph
   Resolving undeclared variables
   Allocating nodes
   Graph Size: 2451

WARNING: Unused variable(s) in data table:
desetiminutovka

. Reading parameter file inits1.txt
. Reading parameter file inits2.txt
. Reading parameter file inits3.txt
. Initializing model
Error in node Y[107]
Invalid parent values
Deleting model
. Updating 500
-------------------------------------------------| 500
Can't update. No model!

. Can't set monitor. No model!
. Can't set monitor. No model!
. Can't set monitor. No model!
. Can't set monitor. No model!
. Can't set monitor. No model!
. Can't set monitor. No model!
. Updating 500
-------------------------------------------------| 500
Can't update. No model!

. No model
. No model
. No model
. Can't dump CODA output. No model!
. Updating 0
Can't update. No model!
Can't update. No model!
. Deleting model
. 
Error in runjags.readin(directory = startinfo$directory, copy = (keep.jags.files &  : 
  The simulation appears to have crashed - check the model output in failedjags$output for clues
In addition: Warning messages:
1: running command '"TASKLIST"' had status 1 
2: Parallel and interruptible methods aren't available on your machine because testing the TASKLIST system command produced an error; switching to the simple method 
JAGS files were saved to the 'runjagsfiles_3' folder in your current working
directory

不幸的是，runjagsfiles_3目录中没有包含任何有用信息的转储或文件。

有没有办法从JAGS中获取那些“无效的父值”？

我正在使用JAGS 3.4.0。

PS：我故意不在这里提交完整的型号代码。我的问题是关于JAGS的一般问题，而不是为什么我的模型不起作用。

Answer 1

我担心无法从您的模型中转储任何值。您从JAGS手册中引用的关键行是＆＃39;并正确初始化＆＃39; - 你的模型没有发生这种情况，所以没有什么可以倾倒的，对不起。你必须手动为Y []的（随机）父母指定合理的初始值，如@nicola建议的那样。

顺便说一句 - 我对TASKLIST在您的系统上失败感兴趣 - 您能否告诉我您平台的一些细节？

有没有办法转储JAGS节点值以进行调试？

1 个答案: