Question

考虑以下test.Rmd：

```{r setup, purl=FALSE}
opts_chunk$set(purl=FALSE)
opts_template$set(nopurl = list(purl=FALSE))
```     

```{r test1}
print(1)
```

```{r test2, opts.label='nopurl'}
print(2)
```

```{r test3, purl=FALSE}
print(3)
```

purl('test.Rmd')给出了test.R，其中没有任何test *块应该被清除，但是：

## ----test1---------------------------------------------------------------
print(1)


## ----test2, opts.label='nopurl'------------------------------------------
print(2)

尽管有全局选项test3和标签opts_chunk$set(purl=FALSE)，但只有nopurl未被清除，其余部分都会被清除。为什么呢？

Answer 1

这不是一个bug，只是purl()没有执行任何代码块，所以第一个代码块并没有真正执行。 purl()功能在很多方面都不可靠，请参阅?knitr::hook_purl。也就是说，我不建议完全删除文件;编织更可靠（参见?knitr::purl中的注释部分）。

Answer 2

根据Yihui的反馈，走的路是如下：

```{r setup, purl=FALSE}
knit_hooks$set(purl = hook_purl)
opts_template$set(nopurl = list(purl=FALSE))
opts_template$set(dopurl = list(purl=TRUE))
```

```{r test}
print(1)
```

```{r test2, opts.label='nopurl'}
print(2)
```

```{r test3, opts.label='dopurl'}
print(3)
```

使用这种方法，您不需要：

purl('test.Rmd')

你只是：

knit('test.Rmd')

并获取通常的test.md和test.R文件。后者如下：

## ----test----------------------------------------------------------------
print(1)

## ----test3, opts.label='dopurl'------------------------------------------
print(3)

如您所见，给定knit_hooks$set(purl = hook_purl)，块的默认行为是purling。

在实际使用中nopurl和dopurl将收集更多选项与（无）清除一起设置。
无论如何，在考虑以下说明时：

N.B。无法保证'purl（）'生成的R脚本可以重现'knit（）'中完成的计算。 'knit（）' 进程可能相当复杂（块的特殊值选项，自定义块挂钩，除R之外的计算引擎，以及 'envir'论证等）。如果要重现计算在'knit（）'生成的报告中，请务必使用'knit（）'，而不是仅执行'purl（）'生成的R脚本。这似乎是显而易见的，但有些人却没有得到它。

总是使用knit_hooks$set(purl = hook_purl)并在不需要purl时设置purl=FALSE似乎是明智之举。

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2 个答案: