Question

我希望能够从文件中访问数据，将它们组织成一个我认为应该是字典列表的结构，从我的理解，可能如下所示：

ID_FILE = { 
        'KEY_1': [
                    {
                        'R_1': [
                                {
                                    'A_1': [
                                            {
                                                'P_1': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_2': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_3': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            }
                                        ],
                                    'A_2': [
                                            {
                                                'P_1': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_2': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_3': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            }
                                        ],
                                    'A_3': [
                                            {
                                                'P_1': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_2': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_3': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            }
                                        ]
                                }
                            ],
                        'R_2': [
                                {
                                    'A_1': [
                                            {
                                                'P_1': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_2': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_3': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            }
                                        ],
                                    'A_2': [
                                            {
                                                'P_1': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_2': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_3': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            }
                                        ],
                                    'A_3': [
                                            {
                                                'P_1': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_2': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_3': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            }
                                        ]
                                }
                        ],
                        'R_3': [
                                {
                                    'A_1': [
                                            {
                                                'P_1': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_2': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_3': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            }
                                        ],
                                    'A_2': [
                                            {
                                                'P_1': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_2': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_3': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            }
                                        ],
                                    'A_3': [
                                            {
                                                'P_1': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_2': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            },
                                            {
                                                'P_3': ['a', 'b', 'c', 'd']
                                            }
                                        ]
                                }
                        ]
                    }
                ],

        'KEY_2': [...as 'KEY_1'...],

        'KEY_3': [...as 'KEY_1'...]
    }

我不知道它是否理想正确，但实际上我可以使用['ID_FILE']['KEY_1']['R_2']['A_3']['P_2'].b等命令访问字典数据（使用方括号选择字典＆＃39） ; s键，以及括号外所需值的点），以了解b P_2的{{1}}值A_3 R_2 KEY_1 ['ID_FILE']['KEY_1'].R_2 ，或['A_1', 'A_2' , 'A_3']并获取列表KEY = column 6 R = column 8 A = column 3 P = Atom row = list of columns a = column 1 b = column 2 c = column 3 d = column 4，即选择字典的键，最后指示所需信息，以获得最终输出......

结构非常复杂，但概念是可推广的，我会通过什么方法，python模块或最佳方法来理解，我可以在python中实现这一点;如果首选从外部或从内部开始，组织和连接字典到独特的大词典...

编辑1：也就是说，使用上一个键的值作为新子词典的键。

编辑2：源文件是一个CIF文件，如this（它是一个170925行的大文件）。考虑到cif文件，我分析了以ATOM开头的行，将它们分成列：

{{1}}

因此，例如，为了获得链A（第6列）的残基271（第8列）的原子N（第3列）的x坐标（第10列），给出类似[＆＃39; 4tvx＆＃39;] [＆＃39; A＆＃39;] [＆＃39; 271＆＃39;] [＆＃39; N＆＃39;。] coordX

Answer 1

看起来你的架构并不理想（虽然很难在不了解你所存储的内容的情况下判断）。通过查看您的数据，KEY_1，R_1和A_1应该是字典而不是列表。通过简化结构，您将使用[ID_FILE] [KEY_1] [R_2] [A_3] [P_2] .b

Answer 2

感谢Stephen Rumbalski向我表明这个工具PyCifRW，但是，回答我的主题问题，所需的结构是字典词典，以实现那个gool：

r_list = ['20', '21']
dictionary = {}
r_dict = {}
a_dict = {}
for r in range(0,len(r_list)):
    r = r_list[r]
    dictionary['C'] = r_dict
    r_dict[r] = a_dict

print dictionary
print dictionary['C']

"""output:

{'C': {'20': {}, '21': {}}}
{'20': {}, '21': {}}

equal to:

dictionary = {'C': {
                    '20': {},
                    '21': {}
                }
            }
"""

词典列表的Python词典

2 个答案: