Question

我正在尝试在dicom文件中读取dicom标头标签。现在，有两种方法可以读取这个dicom标头标签。

1）在python中使用pydicom包，这在我的python安装版本（python 3）上显然效果不佳。

2）或当我打电话给AFNI功能＆＃39; dicom_hinfo＆＃39;通过命令行，我可以得到dicom标签值。在终端中调用afni函数的语法如下：

dicom_hinfo -tag aaaa，bbbb filename.dcm 输出：FGRE

现在我应该如何在python脚本中调用这个dicom-info -tag aaaa，bbbb filename.dcm。我猜subprocess可能会工作但不确定在这种情况下如何使用它。

Answer 1

要从子流程获取输出，您可以use check_output() function：

#!/usr/bin/env python
from subprocess import check_output

tag = check_output('dicom_hinfo -tag aaaa,bbbb filename.dcm output:fgre'.split(),
                   universal_newlines=True).strip()

universal_newlines=True用于在Python 3上获取Unicode文本（使用用户区域设置的字符编码对数据进行解码）。

check_output()假设dicom_hinfo打印到其标准输出流（stdout）。某些实用程序可能会直接打印到stderr或终端。可以修改代码以适应它。

Answer 2

哦，这是由于使用Pydicom的语法错误。我想访问0019,109c标签。

语法应为：

DS [0x0019,0x109c]。价值。

不是ds [aaaa，bbbb] .value

如何调用命令行命令（AFNI命令）？

2 个答案: