使用zcat和sed或awk编辑压缩的.gz文本文件

Question

我正在尝试编辑压缩的fastq.gz文本文件，删除第2,6,10,14行的前六个字符......我现在有两种不同的方法可以使用awk或sed，但是如果文件解压缩，这些似乎只能起作用。我想编辑文件而不解压缩它们并尝试以下代码而不让它工作。感谢。

使用sed：

zcat /dir/* | sed -i~ '2~4s/^.\{6\}//'

使用awk：

zcat /dir/* | awk 'NR%4==2 {gsub(/^....../,"")} 1'

Answer 1

您无法绕过压缩，但您可以自动链接解压缩/编辑/重新压缩：

for f in /dir/*; do
  cp "$f" "$f~" &&   
  gzip -cd "$f~" | sed '2~4s/^.\{6\}//' | gzip > "$f"
done

如果您对此操作非常有信心，可以通过将rm "$f~"添加到循环体的末尾来删除备份文件。

Answer 2

我编写了一个名为zawk的脚本，它可以本机执行此操作。它类似于glenn jackman's answer至a duplicate of this question，但它在保留awk和FILENAME的情况下处理FNR选项以及几种不同的压缩机制和输入方法。

您将以如下方式使用它：

zawk 'awk logic goes here' log*.gz

这不解决sed的“就地”标志（-i）。