Question

我有以下Bash脚本用于将作业提交到群集上的SLURM：

#!/bin/bash
#SBATCH -A 1234
#SBATCH -t 2-00:00 
#SBATCH -n 24

module add xxx
srun resp.com

#SBATCH行是SLURM命令：

#SBATCH -A 1234是项目编号（1234）
#SBATCH -t 2-00:00是工作时间
#SBATCH -n 24是核心数

module add xxx加载Environment Module xxx（在这种情况下，我实际上使用module add gaussian，其中gaussian是计算量子化学程序）。

srun是启动作业的SLURM命令。 resp.com包括高斯和原子坐标的命令。

我尝试将Bash脚本转换为以下Perl脚本，但它不起作用。我怎么能在Perl中做到这一点？

#!/usr/bin/perl 

use strict;
use warnings;
use diagnostics;

system ("#SBATCH -A 1234");
system ("#SBATCH -t 2-00:00");
system ("#SBATCH -n 24");

system ("module add xxx");
system ("srun resp.com ");

Answer 1

每个system调用都会创建一个子进程来运行有问题的程序，并在子进程终止时返回。

module的重点是配置当前shell，其中包括修改它的环境。当这个过程完成（死亡）时，告别那些变化。对srun的呼唤，在其新的过程中焕然一新，并且没有机会。

前进的步骤：

了解SLURM＆amp; bash和完全为什么system("#SBATCH whatever");可能不是任何值。提示：#标志着Bash＆amp;的评论开始。的Perl。
了解module add正在对xxx做什么，以及如何在Perl解释器中复制它在shell中所做的事情。 ThisSuitIsBlack不建议use Env::Modulecmd { load => 'foo/1.0' };复制此功能。
除非对module add有任何理解，system ('module add xxx; srun resp.com')会将这两个命令放在同一个shell进程中，但此时你需要问问自己通过向Perl解释器添加一个Perl解释器获得了什么。混合。

Answer 2

您需要做的是写

#!/usr/bin/perl 

#SBATCH -A 1234
#SBATCH -t 2-00:00
#SBATCH -n 24

use strict;
use warnings;
use diagnostics;

system ("module add xxx && srun resp.com ");

然后用

提交

sbatch my_perl_script.pl

#SBATCH行是注定要由sbatch命令解析的注释。它们必须是提交脚本中的注释。

module命令修改了环境，但如果您自己使用system调用该环境，则该环境会立即丢失，因为system会创建子shell。您需要在与srun相同的子shell中调用它，如上所示，或者使用Perl工具在Perl脚本的环境中加载模块，以便srun可以使用{ {1}}如其他地方所述。

如何将我的脚本转换为从Bash提交SLURM作业到Perl？

2 个答案: