循环序列输出 - python

Question

我一直在努力找出一种方法，让我的序列在单独的行中按顺序打印出6-mer。如此（注意每行的间距）：

atgctagtcatc
 tgctag
  gctagt
   ctagtc
    tagtca
     etc

到目前为止，我已经能够在字符串中显示我的序列，如下所示：

from Bio import SeqIO
record = SeqIO.read(open("testSeq.fasta"), "fasta")
sequence = str(record.seq)

然而，我似乎唯一想要打印6-mer的方法是：

print sequence 
print sequence[0:5]
print "", sequence[1:6]
print "", "", sequence[2:7]
print "", "", "", sequence [3:8]
etc

我觉得应该有一种更简单的方法来做到这一点。我试过这个，但它似乎不起作用：

x = 0
y = 6
for sequence in sequence[x:y]
    print sequence
    x = x + 1
    y = y + 1

对于我应该如何尝试完成此任务的任何意见将不胜感激。我现在只使用python几天了，如果我的问题看起来很简单，我很抱歉。

谢谢！

Answer 1

这应该有效：

width = 6
for i in range(len(sequence) - width):
    print " " * i + sequence[i:i+width]

Answer 2

您可以尝试以下操作（据我所知，您正在使用python2）

seq = "atgctagtcatc"
spaces = " "
for i in range(0, len(seq)):
    print spaces*i+seq[i:i+6]

输出：

atgcta
 tgctag
  gctagt
   ctagtc
    tagtca
     agtcat
      gtcatc
       tcatc
        catc
         atc
          tc
           c