基于社区的igraph组顶点

Question

在我之前的问题Creating Variables with Group in R igraph中，我希望将具有相同组/颜色的顶点放在我的数据类型中，就像这个https://lists.nongnu.org/archive/html/igraph-help/2012-03/pngFA9V_3yRcA.png一样。提前致谢

Answer 1

我在我的NetPathMiner包中实现了这样一个功能，名为layoutVertexByAttribute。

library(igraph)
library(NetPathMiner)

g <- graph.data.frame(message)
g <- setAttribute(g, "sender", sender_country)

l = layoutVertexByAttr(g, "sender", cluster.strength=10, layout=layout.kamada.kawai)

plotNetwork(g, vertex.color="sender",layout=l)

您可以查看源代码here或查看vignette了解详情。

编辑：

如果您不使用Bioconductor，安装软件包似乎有点困难，我会在这里编写一个更简单的函数版本。

layout.by.attr <- function(graph, wc, cluster.strength=1,layout=layout.auto) {  
        g <- graph.edgelist(get.edgelist(graph)) # create a lightweight copy of graph w/o the attributes.
        E(g)$weight <- 1

        attr <- cbind(id=1:vcount(g), val=wc)
        g <- g + vertices(unique(attr[,2])) + igraph::edges(unlist(t(attr)), weight=cluster.strength)

        l <- layout(g, weights=E(g)$weight)[1:vcount(graph),]
        return(l)
}

将它与您的示例一起使用：

g <- graph.data.frame(message) 

l = layoutVertexByAttr(g, sender_country, cluster.strength=10, layout=layout.kamada.kawai)

plot.igraph(g, vertex.color=sender_country, layout=l)