编写Python或TCL VMD脚本

时间:2015-03-08 22:14:56

标签: python tcl vmd

有没有人知道有关编写Python的完整教程 还是TCL脚本? 我想编写一个脚本来加载一个分子,对它做3个表示, 并更改每个属性的属性(如着色方法,绘图方法,等值等),最后渲染图像。

我经历了这个教程,但是所有它都教会用脚本来做 加载一个分子并选择原子。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node4.html

是否有任何资源来学习编写脚本来执行更高级的vmd操作?

2 个答案:

答案 0 :(得分:3)

对于Tcl的一般学习,有Tcl Tutorial。对于Python的一般学习,有The Python TutorialPython 2 version)。你需要选择你在那里使用的路线。然后你就会有足够的信息来查看VMD documentation并按自己的方式行事,只要你对如何解决这个问题有点想象力。当你遇到一个特定的问题时,你可以问这个问题; Stack Overflow是关于帮助解决特定问题,而不是一般的“我从哪里开始这个项目?!”问题。

答案 1 :(得分:0)

一种可能性是您首先创建表示,更改属性等。然后,完成后,将状态保存到文件中(文件 - >保存可视化状态...)。以这种方式创建的文件是可以使用普通文本编辑器编辑的脚本。例如,您可以搜索并替换您加载的分子文件的名称,以将相同的表示应用于其他分子。 您还可以在脚本文件的末尾添加渲染命令,例如:

render tachyon rendered_image.tga

编辑文件后,您可以通过File->加载可视化状态直接在VMD中加载... 或者,您可以在启动VMD时加载它:

vmd -e your_edited_visualization_state_file.vmd