从数据帧列表中的因子级别出现创建计数矩阵

Question

由于我无法提供示例数据，因此这里有两个小文本文件，代表我的两个输入文件的前5行：

https://www.dropbox.com/sh/s0rmi2zotb3dx3o/AAAq0G3LbOokfN8MrYf7jLofa?dl=0

我将工作目录中的所有文本文件读入一个列表，在第三列中通过数字截止值剪切了一些列set new names和子集：

all.files <- list.files(pattern = ".*.txt")
data.list <- lapply(all.files, function(x)read.table(x, sep="\t"))
names(data.list) <- all.files
data.list <- lapply(data.list, function(x) x[,1:3])

new.names<-c("query", "sbjct", "ident")

data.list <- lapply(data.list, setNames, new.names)
new.list <- lapply(data.list, function(x) subset(x, ident>99))

我最终会得到一个数据帧列表，每个数据帧由三列组成。

现在，我想

1. 计算列表中所有数据框中“sbjct”列中因子的出现次数，
2. 根据计数构建矩阵，其中行=“sbjct”的因子级别和每个数据帧中的列=出现次数。

对于列表中的每个数据帧，应根据原始列表中的原始数据框创建一个具有两列（sbjct / counts）的新对象。最后，所有新对象都应该与cbind合并（例如），空单元格（缺少数据）应该用零填充，从而产生“sbjct x counts”矩阵。

例如，如果我有一个数据帧，dplyr会帮我这样：

library(dplyr)
some.object <- some.dataframe %>% 
                  group_by(sbjct) %>%
                    summarise(counts = length(sbjct))

>some.object
Source: local data frame [5 x 2]

            sbjct counts
1 AB619702.1.1454       1
2 EU287121.1.1497       1
3 HM062118.1.1478       1
4 KC437137.1.1283       1
5        Yq2He155       1

但它似乎无法应用于数据帧列表。

Answer 1

为每个数据集添加一列，作为指标[让Ndata命名]特定观察来自该数据集。现在rbind所有这些数据集。

现在当你制作sbjct X Ndata的交叉表时，你将获得你正在寻找的矩阵。

这里有一些代码要澄清：

t=c("a","b","c","d","e","f")
set.seed(10)
d1=data.frame(sbjt=sample(t,sample(20,1),rep=T))
d2=data.frame(sbjt=sample(t,sample(20,1),rep=T))
d3=data.frame(sbjt=sample(t,sample(20,1),rep=T))

d1$Ndata=rep("d1",nrow(d1))
d2$Ndata=rep("d2",nrow(d2))
d3$Ndata=rep("d3",nrow(d3))

all=rbind(d1,d2,d3)

ct=table(all$sbjt,all$Ndata)

ct看起来像这样：

> ct

    d1 d2 d3
  a  1  0  0
  b  4  0  1
  c  2  2  1
  d  3  1  0
  e  1  0  0
>