将包中的轨道分组为R圈

Question

我创建了一个类似于circlize教程第8页的图： http://cran.r-project.org/web/packages/circlize/vignettes/genomic_plot.pdf

现在我试图在基因名称之上覆盖一个额外的轨道，这显示基因分组为更大的类别（在下面的图片中从小插图中取出，我试图添加蓝线，希望得到一个更漂亮的图像与circlize）。

我有一个新的数据框，其中包含每个较宽区域的开始和停止，以及标签（我试图在这些区域之上添加标签）。

我已尝试从之前的绘图中获取xlim，ylim和index信息，但我遇到了麻烦，因为它是一个新的数据框。

这就是我正在做的事情：说我的新数据框（与主要数据的坐标相同）是这样的：

df = structure(list(Chr = c("chr1", "chr10", "chr12"), pos.start = c(2e+06, 2e+06, 2e+06), pos.end = c(3e+06, 6e+06, 3e+06), name = c("A", "B", "C")), .Names = c("Chr", "pos.start", "pos.end", "name"), row.names = c(1L, 2L, 3L), class = "data.frame")

在使用我的主数据集初始化circos并使用示例插图中的基因因子后，我试图添加这样的轨道：

circos.trackPlotRegion(ylim = c(0.5, 0.5), track.index=1,
panel.fun = function(x, y) {
chr = get.cell.meta.data("sector.index")
# find regions in this chromosome
regions  = unique(df[df$Chr == chr, , drop = FALSE]$name)
df2 = df[df$Chr == chr, , drop = FALSE]
for(i in seq_len(nrow(df2))) {
   region = which(regions %in% df2$name[i])
   circos.rect(region, 0.2, 
          region, 0.2, color="blue", border = NA)
}
}, bg.border = NA)

我一直收到这个错误：     “if（ncut）{：参数不能解释为逻辑错误。”

我做错了什么？

我还尝试使用par（new = TRUE）覆盖一个全新的情节，但我不能让它与我之前的情节完全重叠，因为它重新调整以适应整个圆（虽然我只有一些段定义为更广泛的地区）。 如果任何人都有关于如何绘制这个覆盖区域的指针（使用定义这些更宽区域的不同数据集），我会非常感谢它！

感谢您的帮助！

Answer 1

如果您想覆盖整个行业，例如如果你想绘制一条线来覆盖这两个基因（每个基因是图中的一个扇区），你可以尝试highlight.sector()。 该功能最近已添加到circlize，您可以将circlize更新为最新版本。

要使用highlight.sector()，首先应创建一个轨道（高度非常小），然后通过指定轨道和扇区的索引来突出显示该轨道中的两个基因。一个简单的例子如下（左图）：

#########################################
# example 1: cover the whole sectors
o.cell.padding = circos.par("cell.padding")

circos.initializeWithIdeogram(plotType = NULL)
circos.trackPlotRegion(ylim = c(0, 1), track.height = 0.01, bg.border = NA, 
    cell.padding = c(0, o.cell.padding[2], 0, o.cell.padding[4]))
circos.trackPlotRegion(ylim = c(0, 1))

highlight.sector(sector.index = c("chr1", "chr2"), track.index = 1, 
    col = "red", border = NA)
circos.clear()

如果您只想突出部分扇区，则应使用draw.sector()代替。与draw.sector()一样，rect()需要两个角的坐标（在极坐标系中测量）。但是，计算正确的坐标有点棘手。 circlize()函数将通过转换每个单元格中的数据坐标来为您提供极坐标。但是您需要将数据点映射到正确的扇区。您可以从以下示例（右图）中看到这个想法

############################################
# example 2: cover only part of the sectors
o.cell.padding = circos.par("cell.padding")

circos.initializeWithIdeogram(plotType = NULL)
circos.trackPlotRegion(ylim = c(0, 1), track.height = 0.01, bg.border = NA, 
    cell.padding = c(0, o.cell.padding[2], 0, o.cell.padding[4]))
circos.trackPlotRegion(ylim = c(0, 1))

pos1 = circlize(1e8, 0, sector.index = "chr1", track.index = 1)
pos2 = circlize(1e8, 1, sector.index = "chr2", track.index = 1)
draw.sector(pos1[1, "theta"], pos2[1, "theta"], pos1[1, "rou"], pos2[1, "rou"], 
    clock.wise = TRUE, col = "red", border = NA)
circos.clear()