Question

我的文件看起来像这样

1_0_fa.bam  1_1_fa.bam  1_2_fa.bam  1_3_fa.bam  1_4_fa.bam  1_5_fa.bam
1_6_fa.bam  1_7_fa.bam  1_8_fa.bam  1_9_fa.bam  1_0_mo.bam  1_1_mo.bam
1_2_mo.bam  1_3_mo.bam  1_4_mo.bam  1_5_mo.bam  1_6_mo.bam  1_7_mo.bam
1_8_mo.bam  1_9_mo.bam  1_0_p1.bam  1_1_p1.bam  1_2_p1.bam  1_3_p1.bam
1_4_p1.bam  1_5_p1.bam  1_6_p1.bam  1_7_p1.bam  1_8_p1.bam  1_9_p1.bam

我希望用bin组合它们，这是名字中的第二个数字。这是我的Makefile（GNU make 3.81）

SHELL = /bin/sh
bins = 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
$(info $(bins))
code = 1

define buildVCF

$(info $(1))
$(eval targ = $(code)_$(1)_bin.vcf)
$(info $(targ))
targs += $(targ)
$(eval deps = $(wildcard $(code)_$(1)_*.bam))
$(info $(deps))

$(targ): $(deps)
    cat $$^ > $$@

endef

$(foreach bin,$(bins),$(eval $(call buildVCF,$(bin))))

all: $(targs)

如果我make -n，它会产生

0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
0
1_0_bin.vcf
1_0_p1.bam 1_0_mo.bam 1_0_fa.bam
1
1_1_bin.vcf
1_1_fa.bam 1_1_p1.bam 1_1_mo.bam
2
1_2_bin.vcf
1_2_mo.bam 1_2_p1.bam 1_2_fa.bam
3
1_3_bin.vcf
1_3_fa.bam 1_3_mo.bam 1_3_p1.bam
4
1_4_bin.vcf
1_4_mo.bam 1_4_fa.bam 1_4_p1.bam
5
1_5_bin.vcf
1_5_fa.bam 1_5_mo.bam 1_5_p1.bam
6
1_6_bin.vcf
1_6_p1.bam 1_6_fa.bam 1_6_mo.bam
7
1_7_bin.vcf
1_7_fa.bam 1_7_p1.bam 1_7_mo.bam
8
1_8_bin.vcf
1_8_fa.bam 1_8_mo.bam 1_8_p1.bam
9
1_9_bin.vcf
1_9_mo.bam 1_9_p1.bam 1_9_fa.bam
cat 1_0_p1.bam 1_0_mo.bam 1_0_fa.bam > 1_0_bin.vcf

为什么不构建剩余的目标？

Answer 1

因为all目标不是Makefile中的第一个。当你在没有目标的情况下调用make时，会构建Makefile中的第一个规则，在这种情况下是1_0_bin.vcf的规则（因为它是先生成的）。如果您致电make -n all，它将按预期运作。

要使其在没有明确规则的情况下正常运行，只需将all目标移至顶部将无效，因为targs此时没有正确的值，但您可以将其设置为使用间接级别工作：

all: dummy

define buildVCF
...
endef

$(foreach bin,$(bins),$(eval $(call buildVCF,$(bin))))

dummy: $(targs)

然而，这似乎是一种相当迂回的做事方式。如果我是你，我会尝试使用静态模式规则解决问题，例如

targs = $(foreach bin,$(bins),$(code)_$(bin)_bin.vcf)

all: $(targs)

$(targs) : $(code)_%_bin.vcf : $(foreach i,fa mo p1,$(code)_%_$(i).bam)
    cat $^ > $@

Answer 2

如果在命令行中未指定目标，则构建default goal。

默认目标是

第一个目标（不是名称以'。'开头的目标）

在你的makefile中，第一个目标是buildVCF define创建的第一个目标。

正如Wintermute所指出的那样，你不能简单地将all: $(targs)行移到循环之上，因为targs还没有正确的值。

话虽如此，您可以将all:置于循环之上以“保留”默认目标（在这种情况下all: $(targs)将先决条件附加到保留目标）或者您可manually set the default goal在makefile中的任何地方.DEFAULT_GOAL := all。

另一方面，我还没有完全理解你的设置，但我想你可以用更简单的一般模式（或静态模式）规则来做到这一点。

Makefile只执行第一个目标

2 个答案: