在corrplot（）中报告显着性级别

Question

我目前正在使用R中的corrplot()软件包中的corrplot，我偶然发现了两个问题。为简单起见，我将使用与corrplot的帮助/介绍页面相同的表示法。

1. 我想在所有细胞中记录我的p值或测试的重要性（或两者！），而不仅仅是无关紧要的。

2. 我只想在上三角形中使用这些铭文。

要解决2）首先，我已经能够使用它了，但如果感觉有点hacky：

corrplot(M, type="upper", p.mat = res1[[1]], insig="p-value", tl.pos="n")
corrplot(M, type="lower", add=T, tl.pos="d", cl.pos="n"))

但是我无法弄清楚数字1.任何建议都会有所帮助！

Answer 1

快速方法是将sig.level=0添加到第一个图中，因此显示所有p值（实际上，由于数值精度，某些p值将精确为零，因此您可能需要将其设置为例如sig.level=-0.1

require(corrplot)

# Data
M <- mtcars[3:7]
pval <- psych::corr.test(M, adjust="none")$p

# Corrplot
corrplot(cor(M), type="upper", p.mat=pval, insig="p-value", 
                                               tl.pos="n", sig.level=0)
corrplot(cor(M), type="lower", add=T, tl.pos="d", cl.pos="n")

这给出了

但是，如果您想为p值添加更多细节，可能更容易对图表进行格式化并使用text调用添加它们

# Plot
corrplot(cor(M), type="upper", tl.pos="n")

# Get positions & plot formatted p-values
pos <- expand.grid(1:ncol(pval), ncol(pval):1)
text(pos, p_format(pval))

# lower tri
corrplot(cor(M), type="lower", add=T, tl.pos="d", cl.pos="n")

给予

格式化功能

p_format <- function(x, ndp=3)
{
  out <- format(round(as.numeric(x),ndp),ns=ndp,scientific=F,just="none")
  ifelse(out=="0.000","<0.0001", out)
}

我的观点（fwiw）是这会给情节添加太多信息