Question

我有一个R函数，它使用带有相对符号链接的目录（例如../../data）作为模板。我知道相对链接是有效的，因为函数将模板放在已知文件结构的特定部分。 file.copy函数可以使用recrusive = TRUE复制目录，但它会将符号链接转换为它们指向的目录的副本。 linux系统命令cp -r path1 path2将正确复制链接，但我希望尽可能使用R函数。

如何复制R中包含指向目录外部的相对符号链接的目录？

我知道我可以编写自己的函数来递归列出文件（list.dirs），找到符号链接（Sys.readlink），然后重新创建它们（file.link），同时复制所有其他文件，但我想知道该功能是否已经存在。

Answer 1

我已经提出了一个解决方案，所以我想我会发布它，以防其他人可能需要这样做，实际上没有更传统的方法来做到这一点。我仍然有兴趣听到其他答案！

我提出了以下功能：

#===================================================================================================
#' Copy folders with links
#' 
#' Copies folders like \link{\code{file.copy}} except it replicates links correctly on unix-like 
#' systems.
#' 
#' @param from (\code{character}) The path to the folder to be copied
#' @param to (\code{character}) Where to copy the folder to. 
#' 
copy_folder_with_links <- function(from, to) {
  target <- file.path(to, basename(from))
  if (file.exists(target)) stop(paste0("Target folder ", target, " already exists."))
  # Get list of all files/folders to copy ----------------------------------------------------------
  path <- data.frame(target = list.files(from, recursive = TRUE, all.files = TRUE, include.dirs = TRUE))
  path$from  <- file.path(from, path$target)
  path$to  <- file.path(to, basename(from), path$target)
  # Get type of file/folders -----------------------------------------------------------------------
  path$type <- factor("file", levels = c("file", "folder", "link"))
  path$type[file.info(path$from)$isdir] <- "folder"
  path$type[Sys.readlink(path$from) != ""] <- "link"
  # Remove all files that are descendants of links -------------------------------------------------
  is_child <- function(query, refs) {
    sapply(refs, function(x) grepl(paste0("^", x), query) & query != x)
  }
  path <- path[!sapply(path$from, function(x) any(is_child(x, path$from) & path$type == "link")), ]
  # Make copy --------------------------------------------------------------------------------------
  invisible(lapply(path$to[path$type == "folder"], dir.create, recursive = TRUE))
  invisible(file.copy(from = path$from[path$type == "file"], to = path$to[path$type == "file"]))
  invisible(file.symlink(Sys.readlink(path$from[path$type == "link"]), path$to[path$type == "link"]))
}

它的工作方式类似于file.copy（选项较少），但可以正确复制链接。它的工作原理是

使用list.files(from, recursive = TRUE, all.files = TRUE, include.dirs = TRUE)
确定每个是文件，文件夹还是链接
从列表中删除链接文件夹的后代（因为链接后跟list.files）
复制文件夹，文件和链接（按此顺序）

如何在R中复制带有符号链接的文件夹/目录？

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