Question

我刚开始使用Rcpp所以这可能是一个非常愚蠢的问题。以下是具体问题（上下文提供）

Rcpp相当于

odes <- c(A = 1.0, B = 2.0, C = 3.0, D = 4.0, E = 5.0, F = 6.0, G = 7.0)
list(odes)

上下文 - 我正在尝试使用deSolve包的vode解算器来解决常微分方程（ODE）系统，但使用Rcpp包来编写正确的在编译的代码中的ODE的手边。求解器期望形成ODE的RHS的函数返回一个列表，特别是在这种情况下，来自.R函数的RHS（解算器能够成功集成）的形式为

> X
[[1]]
     9000000.00     -9000000.00            0.00        19993.04       -19993.04       -19993.04     -9000000.00

我希望我的.cpp文件将odes作为类似表单的列表吐出。

非常感谢任何帮助!!

如下所示，我正在粘贴代码以准确显示我在做什么

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// This is a simple example of exporting a C++ function to R. You can
// source this function into an R session using the Rcpp::sourceCpp 
// function (or via the Source button on the editor toolbar). Learn
// more about Rcpp at:
//
//   http://www.rcpp.org/
//   http://adv-r.had.co.nz/Rcpp.html
//   http://gallery.rcpp.org/
//

// [[Rcpp::export]]
List odes_gprotein(double t, NumericVector A, NumericVector p) {

  NumericVector odes_vec(A.length());
  List odes(1);

  double Flux1 = p[1] * A[4] * A[5] - p[0] * A[3];
  double Flux2 = p[2] * A[5] - p[3];
  double Flux3 = p[4] * A[3];
  double Flux4 = p[5] * A[1] * A[6];
  double Flux5 = p[6] * A[0] * A[3];
  double Flux6 = p[7] * A[2];

  odes_vec[0] = (Flux4 - Flux5);
  odes_vec[1] = (-Flux4 + Flux6);
  odes_vec[2] = (Flux5 - Flux6);
  odes_vec[3] = (Flux1 - Flux3);
  odes_vec[4] = (-Flux1);
  odes_vec[5] = (-Flux1 - Flux2);
  odes_vec[6] = (-Flux4 + Flux5);

  odes = List(odes_vec);
  return odes;
}

此函数返回（当我提供t，p和A的某些值时），

> Rcpp::sourceCpp('odes_gprotein.cpp')
> X <- odes_gprotein(0,IC,p)
> str(X)
List of 7
 $ : num 9e+06
 $ : num -9e+06
 $ : num 0
 $ : num 19993
 $ : num -19993
 $ : num -19993
 $ : num -9e+06

然而，我需要的是上面提到的X

> X
[[1]]
     9000000.00     -9000000.00            0.00        19993.04       -19993.04       -19993.04     -9000000.00

，其中

str(X)
List of 1
 $ : num [1:7] 9e+06 -9e+06 0e+00 2e+04 -2e+04 ...

感谢您的建议！

Answer 1

我们仍然不知道你想要或尝试过什么，但这里有一个最小的存在证明：

R> cppFunction('List mylist(IntegerVector x) { return List(x); }')
R> mylist(c(2:4))
[[1]]
[1] 2

[[2]]
[1] 3

[[3]]
[1] 4

R>

在向量中，出一个列表。查看Rcpp示例，例如Rcpp Gallery站点。

Answer 2

原来我是以错误的方式创建List，我不得不删除以下内容

List odes(1);以及List(odes_vec);和return (odes);并且必须在最后添加以下声明

return Rcpp::List::create(odes_vec);

可以找到更好的解释here

Rcpp中的连接和列表

2 个答案: