Question

我正在编写一个shell脚本来选择从fastq文件中随机选择200000行（Reads_qc.fastq），在较小的文件（file1.fastq）上运行python脚本（counts.py）并计算行数由python脚本生成的输出文件（摘要）。这是我的代码，

cat Reads_qc.fastq |awk '{ printf("%s",$0); n++; if(n%4==0) { printf("\n");} else { printf("\t\t");} }' |shuf  |head -n 200000 |sed 's/\t\t/\n/g' |awk '{print $1 > "file1.fastq"}'

python counts.py file1.fastq > summary

wc -l summary

你能否建议我如何使脚本100次完成这些操作。

Answer 1

您可以使用while循环，并使用'＆gt;＆gt;'将每个结果附加到摘要文件中运算符而不是'＆gt;'：

#!/bin/sh

count=100

while [ $count -lt 100 ]
do
    cat Reads_qc.fastq |awk '{ printf("%s",$0); n++; if(n%4==0) { printf("\n");} else { printf("\t\t");} }' |shuf  |head -n 200000 |sed 's/\t\t/\n/g' |awk '{print $1 > "file1.fastq"}'
    # Append to summary file instead of overwrite.
    python counts.py file1.fastq >> summary
    count=`expr $count + 1`
done

执行一次bash脚本100次

1 个答案: