Question

我正在从事Perl生物信息学项目。我们应该创建一个文件（在本例中为chrom_seq.txt），然后让Perl读取它。但是，我认为终端无法识别该文件，因为我在chrom_seq.txt中得到了与h相对应的错误，并且整个位显示为红色下划线。我试过重新输入文件名并制作文件的新副本，但没有运气。建议？

# PatMatch.txt => takes DNA sequence from user
# and returns the reverse complement
open ($DNA_Chromosome, “chrom_seq.txt”);
# Remove non-ATGC characters from strings
$DNA_Query =~ s/[^ATGC]//g;
$DNA_Chromosome =~ s/[^ATGC]//g;

Answer 1

诊断 - 引用中有一些可疑的东西 - 从ikegami和keety被盗。

一般建议：对于故障排除降低复杂性。使用

use strict;
use warnings;

#print “chrom_seq.txt”;  # error: Unrecognized character \x93 in column 7 at 30282450.pl line 4.
#print 'chrom_seq.txt'; # 'works'
print qw(chrom_seq.txt); # last resort

输出：

perl 30282450.pl
chrom_seq.txt

对诊断有信心。

补救措施：使用体面的编辑器（十六进制视图，编码），不要使用精美格式（例如PDF）复制/粘贴来源。

Perl中的红色下划线（错误）

1 个答案: