在R中的Cox回归之后,将预测的危险比列添加到数据帧

时间:2015-05-28 20:15:02

标签: r dataframe survival-analysis cox-regression

我需要在R中运行Cox PH回归后在数据框中添加预测风险比率列。数据框是一个面板数据,其中numgvkey如果公司标识符和年龄是时间标识符。您可以从此链接下载该日期的一小部分: https://drive.google.com/file/d/0B8usDJAPeV85VFRWd01pb0h1MDA/view?usp=sharing

我已经做了以下事情:

library(survival)
library(readstata13)
sme <- read.dta13("sme.dta")
reg<-coxph(Surv(age,EVENT2)~L1FETA+frailty(numgvkey), ties=c("efron"),  data=sme)
summary(reg)
hr <- predict(reg, type="risk")

如何在“sme”数据框中添加第5列“危险比”(hr)?另外,有没有办法预测EVENT2概率而不是'hr'?

1 个答案:

答案 0 :(得分:4)

predict.coxph功能允许您生成几种不同的“类型”输出。其中一个是“预期的”,这可能是你所说的“概率”。这并不是一个概率,因为当相对风险,“基线危险”和观察时间很高时,数字有时会超过1.0。

“类型”的“风险”选项返回风险比。

有一个可以计算预测存活率的survfit.coxph。它返回的对象包含survcumhaz列表组件。

您可能想尝试一下:

sme$cumhaz <- survfit(fit, newdata=sme)$cumhaz