我需要在R中运行Cox PH回归后在数据框中添加预测风险比率列。数据框是一个面板数据,其中numgvkey如果公司标识符和年龄是时间标识符。您可以从此链接下载该日期的一小部分: https://drive.google.com/file/d/0B8usDJAPeV85VFRWd01pb0h1MDA/view?usp=sharing
我已经做了以下事情:
library(survival)
library(readstata13)
sme <- read.dta13("sme.dta")
reg<-coxph(Surv(age,EVENT2)~L1FETA+frailty(numgvkey), ties=c("efron"), data=sme)
summary(reg)
hr <- predict(reg, type="risk")
如何在“sme”数据框中添加第5列“危险比”(hr)?另外,有没有办法预测EVENT2概率而不是'hr'?
答案 0 :(得分:4)
predict.coxph
功能允许您生成几种不同的“类型”输出。其中一个是“预期的”,这可能是你所说的“概率”。这并不是一个概率,因为当相对风险,“基线危险”和观察时间很高时,数字有时会超过1.0。
“类型”的“风险”选项返回风险比。
有一个可以计算预测存活率的survfit.coxph。它返回的对象包含surv
和cumhaz
列表组件。
您可能想尝试一下:
sme$cumhaz <- survfit(fit, newdata=sme)$cumhaz