Question

我希望从.bz文件中读取数据。我正在尝试使用BH库使用rcpp plus boost。我在MacOSX 10.10.3，Rcpp版本0.11.6和BH 1.58.0-1上运行R 3.2.0。

到目前为止，这是我的代码：

// [[Rcpp::depends(BH)]]

#include <Rcpp.h>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <boost/iostreams/device/file.hpp>
#include <boost/iostreams/filtering_stream.hpp>
#include <boost/iostreams/filter/gzip.hpp>
#include <boost/math/common_factor.hpp>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
int read_file_cpp(std::string path) {
  std::ifstream file(path.c_str(), std::ios_base::in | std::ios_base::binary);
  boost::iostreams::filtering_istream in;
  in.push(boost::iostreams::gzip_decompressor());
  in.push(file);
  for(std::string str; std::getline(in, str); )
  {
    std::cout << "Processed line " << str << '\n';
  }
  file.close();
  return(0);
}

当我尝试通过以下方式加载代码时：

Rcpp::sourceCpp(file = "src/boost_test.cpp")

我收到以下错误：

dyn.load中的错误（＆＃34; /var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so"）：无法加载共享对象＆＃39; /var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so'： dlopen（/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so,6）：找不到符号：__ ZN5boost9iostreams6detail11gzip_footer5resetEv 参考自：/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so 预计在：平面命名空间在/var/folders/sv/rhmpnyt91kdb10d1hnz_zd1c0000gn/T//RtmpZiCsVD/sourcecpp_40e63686ad7f/sourceCpp_9777.so

通过一些故障排除，问题似乎是：

in.push(boost::iostreams::gzip_decompressor());

更具体地说，gzip_decompressor()似乎是根本原因。如果我尝试gzip_compressor()而程序工作正常（除了我只是在屏幕上得到二进制乱码）。

通过BH代码，我确认gzip_decompressor代码应该是它的位置。

感谢您的帮助。

更新

根据Dirk和nrussell的建议，这就是我解决问题的方法。

从here下载了提升。

阅读说明here。

解压缩，然后执行以下操作：

./bootstrap.sh --help

阅读说明书，决定我只需要编译IOstreams。所以，运行以下内容：

./bootstrap.sh --with-libraries=iostreams
./b2

找出编译器查找库的路径。我确信有更聪明的方法，但我从R提示符运行以下内容：

Rcpp::sourceCpp('src/boost_test.cpp', verbose = T, rebuild = T)

从随后的文字中，注意到＆＃39; / usr / local / lib＆＃39;在路上。因此，在命令提示符下，我在正确的路径中创建了一个指向库的链接：

ln -s /Users/andersgs/Downloads/boost_1_58_0/stage/lib/libboost_iostreams.dylib /usr/local/lib/

这显然需要稍后更正，因为它不会留在我的下载文件夹中。

然后，按照Dirk的指示，遵循nrussell的建议。所以，回到R：

Sys.setenv("PKG_LIBS"="-lboost_iostreams")
Rcpp::sourceCpp('src/boost_test.cpp', verbose = T, rebuild = T)

成功!!!正确编译。也适用。

谢谢你们两位。

安德斯。

Answer 1

你确定它有效吗？＃34;仅限标题＆＃34;？

如果没有，您需要确保提供正确的链接参数 - 请参阅Rcpp Gallery example on Boost regex有一个有效的例子。

使用boost :: iostreams :: gzip_decompress

1 个答案: