Question

我试图理解lmer中R函数背后的线性代数运算，我在lecture上发现了似乎是一个很好的资源。由lme4包的创建者Douglas Bates提供。

该示例处理数据集 Dyestuff 并调用混合效果模型，如下所示：

fm1 <- lmer(Yield ~ 1 + (1 | Batch), Dyestuff)

以下幻灯片包括用于提取随机效果的基础矩阵的代码行，例如：

efm1 <- expand(fm1)
efm1$S
6 x 6 diagonal matrix of class "ddiMatrix"

#       [,1]      [,2]    [,3]    [,4]    [,5]    [,6]
[1,]  0.84823       .       .       .       .       .
[2,]       .  0.84823       .       .       .       .
[3,]       .       .  0.84823       .       .       .
[4,]       .       .       .  0.84823       .       .
[5,]       .       .       .       .  0.84823       .
[6,]       .       .       .       .       .  0.84823

和

efm1$T6 x 6 sparse Matrix of class "dtCMatrix"
[1,] 1 . . . . .
[2,] . 1 . . . .
[3,] . . 1 . . .
[4,] . . . 1 . .
[5,] . . . . 1 .
[6,] . . . . . 1

，或者

(fm1S <- tcrossprod(efm1$T %*% efm1$S))

6 x 6 sparse Matrix of class "dsCMatrix"

[1,] 0.71949 .       .       .       .       .
[2,] .       0.71949 .       .       .       .
[3,] .       .       0.71949 .       .       .
[4,] .       .       .       0.71949 .       .
[5,] .       .       .       .       0.71949 .
[6,] .       .       .       .       .       0.71949

然而，当我尝试在R上运行相同的行代码时，我收到以下错误消息：

efm1 <- expand(fm1)

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘expand’ for signature ‘"lmerMod"’

并不奇怪，

efm1$S
Error: object 'efm1' not found

执行?expand将此函数标识为仍然存在，并且似乎意味着生成矩阵分解，例如LU或RQ。

在网上搜索，我发现道格拉斯现在正在使用朱莉娅（下一个统计语言可以用一个不那么难以置信的名字吗？不，不是＆＃34; Pied Pier＆＃34;对不起，我离题了......）。

我做错了什么？ lme4现在是孤儿还是腐烂？幻灯片中是否有拼写错误？

Answer 1

你正在看很旧的幻灯片。

包中的线性混合模型功能的完整描述，包括内部表示的详细信息，是on arxiv，在 J中按下。统计。软件（此信息的参考也在citation information for the package on CRAN中）。（我们仍在撰写描述GLMM功能的论文。）
getME()函数是当前推荐的访问模型信息的方法。
lme4仍处于相当活跃的开发阶段on github。
Doug Bates确实对building mixed model frameworks in Julia now更感兴趣，但他仍然在某种程度上参与lme4维护。

符号/内部表示有所改变，但是可以按如下方式从内部信息重建方差 - 协方差矩阵（内部Lambdat等效于旧符号中的t(T %*% S)）。 / p>

library("lme4")
fm1 <- lmer(Yield ~ 1 + (1 | Batch), Dyestuff)
crossprod(getME(fm1,"Lambdat"))

lme4中的提取函数功能失调？

1 个答案: