将ipython notebook中的ggplot输出保存到文件中

Question

我想在ipython笔记本中使用ggplot。我使用rmagic将数组传入R并将其绘制到输出单元格。但是，将绘图保存到文件似乎不起作用。

%load_ext rpy2.ipython

新细胞。我的python数据称为数据。

%%R -i data
library(ggplot2)

df=data.frame(x=seq(1,length(data)),y=data)
pdf('plot.pdf')
ggplot(data=df, aes(x=x,y=y)) + geom_point()
dev.off()

当我点击文件plot.pdf时，我收到错误＆＃39;文件无法打开。它可能已损坏或使用预览无法识别的文件格式。＆＃39;

Answer 1

如果打开特定设备（此处为PDF文件），则必须调用df=data.frame(x=seq(1,length(data)),y=data) pdf('plot.pdf') p <- ggplot(data=df, aes(x=x,y=y)) + geom_point() print(p) dev.off() （就像在非交互式R中使用该代码一样）。

{{1}}

这可能比对ggsave的调用更明确，ggsave似乎猜测在有多个图时应该绘制什么。

Answer 2

试试这个：

df <- data.frame(x=seq(1,length(data)),y=data)
ggplot(data=df, aes(x=x,y=y)) + geom_point()
ggsave('plot.pdf', width=8.27, height= 11.69) #A4 size in inches
dev.off()