Question

我试图从NCBI的MeSH获得解剖学术语的所有同义词，但似乎省略了低（est？）级别术语。

＆＃34; NK细胞＆＃34;肯定是＆＃34;杀手细胞，自然＆＃34;，http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D007694的同义词，它是MeSH＆＃34; Anatomy Category＆＃34;的后代。 http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/U000002

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68007694

我已经将http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MESH的三元组加载到AWS / EC2中的Virtuoso服务器中。

＆＃34; NK细胞＆＃34;不出现在网格中所有子类的查询中：U000002：

PREFIX mesh: <http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
select ?s ?o where {
    ?s skos:altLabel ?o
    { select ?s
    where {
            { ?s rdfs:subClassOf* mesh:U000002  } .
        }
    }
}

可能有

Virtuoso中的一些递归限制或最大＃行限制？
MeSH特有的东西？

＆＃34; NK细胞＆＃34;确实出现在查询中，只有一个级别开始，＆＃34;单元格＆＃34;，http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D002477。

PREFIX mesh: <http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
select ?s ?o where {
    ?s skos:altLabel ?o
    { select ?s
    where {
            { ?s rdfs:subClassOf* mesh:D002477  } .
        }
    }
}

Answer 1

我将virtuoso.ini的[SPARQL]部分中的 ResultSetMaxRows 从10,000增加到100,000。

我对所有解剖学同义词的查询现在大约35,000行，包括“NK细胞”

我的系统中有几个virtuoso.ini文件。我编辑了 /opt/virtuoso-opensource/var/lib/virtuoso/db/virtuoso.ini

递归SPARQL的最大深度或最大返回行数？

1 个答案: