根据OSX中的输入文件名创建输出文件名

时间:2015-07-17 17:00:09

标签: macos terminal bioinformatics sequencing

我有这个脚本

annotatepeaks.pl file mm9 -annStats filename > output

我使用这个脚本来运行一个作业:

annotatepeaks.pl file.xls mm9 -annStats file_stat.xls > file_ann.xls

由于我有多个文件并希望批量运行(添加Batchparallel.pl

Batchparallel.pl annotatepeaks.pl ann.xls mm9 -annStats filename -f *.xls

基本上为一个作业运行并行命令。问题是-annStats只给我一个输出文件。如何指定文件名以使其获取输入名称并将其用于该特定标志(-annStats)的输出。

我对此非常陌生,所以希望我的问题对每个人都有意义。

感谢您的帮助!

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