从R中的devtools包导航install_github函数

时间:2015-07-19 11:53:06

标签: r github devtools

我正在使用devtools包从GitHub安装R包。在函数手册中有一个关于repo参数的句子,该函数在该参数上被矢量化

  

此功能在repo上进行矢量化,因此您可以在一个命令中安装多个包。

我创建了5个包,并将它们分发到5个不同子目录中的单个github存储库中。当我使用这样的命令在一个函数调用中安装所有5个命令时

> if (!require(devtools)) {
+    install.packages("devtools")
+    require(devtools)
+ }
> install_github(paste0("mi2-warsaw/RTCGA.data/", 
+                   subdir = paste0("RTCGA.", 
+                                   c("clinical",
+                                     "rnaseq",
+                                     "mutations",
+                                     "cnv",
+                                     "PANCAN12")
+                                  )
+                )
+ )
Downloading github repo mi2-warsaw/RTCGA.data@master
Installing RTCGA.clinical
"C:/PROGRA~1/R/R-32~1.0/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ  \
  --no-save --no-restore CMD INSTALL  \
  "C:/Users/Marcin/AppData/Local/Temp/RtmpeSTVOR/devtoolse483660419b/mi2-warsaw-RTCGA.data-f38f079/RTCGA.clinical"  \
  --library="C:/Users/Marcin/Documents/R/win-library/3.2"  \
  --install-tests 

* installing *source* package 'RTCGA.clinical' ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
*** arch - x64
* DONE (RTCGA.clinical)
Downloading github repo mi2-warsaw/RTCGA.data@master
Installing RTCGA.rnaseq
"C:/PROGRA~1/R/R-32~1.0/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ  \
  --no-save --no-restore CMD INSTALL  \
  "C:/Users/Marcin/AppData/Local/Temp/RtmpeSTVOR/devtoolse4839392db6/mi2-warsaw-RTCGA.data-3c044a0/RTCGA.rnaseq"  \
  --library="C:/Users/Marcin/Documents/R/win-library/3.2"  \
  --install-tests 

* installing *source* package 'RTCGA.rnaseq' ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB

对于每个单独的软件包的安装,似乎下载了整个存储库。所以在结果中整个存储库被下载了5次...... 有没有办法下载存储库一次,然后安装5个软件包 - 如果可能的话 - 在一个类似于我正在使用的函数调用中?

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