Question

我通常不会使用bash，但在这种情况下，grep可能是一个非常快速的解决方案。我在bash中已经阅读了很多关于grep和变量赋值的问题，但是我没有看到错误。我在$ pattern周围尝试了几种双引号，使用````或$（...）但没有任何效果。

所以这就是我尝试做的事情：我有两个文件。第一个包含几个名字。我想将它们中的每一个用作grep的模式，以便在另一个文件中搜索它们。因此，我遍历第一个文件的行并将名称分配给变量模式。此步骤适用于正确打印变量。但不知何故，grep无法识别/解释变量。当我用实际名称替换“$ pattern”时，一切都很好。因此，我不认为变量赋值有问题，但将“$ pattern”解释为它应该表示的字符串。

非常感谢任何帮助！

#!/bin/bash

while IFS='' read -r line || [[ -n $line ]]; do
    a=( $line )
    pattern="${a[2]}"
    echo "Text read from file: $pattern"
    var=$(grep "$pattern" 9606.protein.aliases.v10.txt)
    echo "Matched Line in Alias is: $var"
done < "$1"


> bash match_Uniprot_StringDB.sh ~/Chromatin_Computation/.../KDM.protein.tb

输出：

Text read from file: "UBE2B" 
Matched Line in Alias is: 
Text read from file: "UTY"
Matched Line in Alias is:

修改解决方案drvtiny建议工作。有必要摆脱双引号来匹配字符串。添加以下行使脚本工作。

pattern="${pattern#\"}"
pattern="${pattern%\"}"

Answer 1

请查看＆＃34; -f FILE＆＃34; man grep中的选项。我建议这个选项完全符合你的需要，不需要任何bash循环或其他＆＃34; hacks＆＃34; ：）

是的，根据您的代码输出，您可以读取包含双引号的模式。换句话说，你从文件〜/ Chromatin_Computation /.../ KDM.protein.tb中读取这个字符串：

"UBE2B"

但不是

UBE2B

正如您所料。

也许您需要删除$ pattern边界上的双引号？

阅读模式后尝试执行此操作：

pattern=${pattern#\"}
pattern=${pattern%\"}

bash grep变量作为模式

1 个答案: