删除r中FASTA文件中的换行符

Question

我有一个fasta文件，其中序列用换行符分解。我想删除换行符。这是我的文件示例：

>accession1
ATGGCCCATG
GGATCCTAGC
>accession2
GATATCCATG
AAACGGCTTA

我想把它转换成这个：

>accession1
ATGGCCCATGGGATCCTAGC
>accession2
GATATCCATGAAACGGCTTA

任何人都可以用R解决这个问题？谢谢！

Answer 1

可能有以下几点：

 genelist <- list(accession1,accession2)
lappy(genelist, paste0, collapse="")

Answer 2

尝试提供read.fasta()和write.fasta()功能的seqinr包。后者允许您控制输出的包装宽度。

因此，假设您的fasta数据位于文件sequences.fa

中

install.packages('seqinr') # do this once
library(seqinr)

seqs = read.fasta(file='sequences.fa')
write.fasta(seqs, names(seqs), nbchar=80, file.out='sequences2.fa')