Question

我们正在尝试将一些单元测试添加到由travis运行的caret package，而不是CRAN上。这样可以节省CRAN上的构建时间，并减少他们为检查我们的软件包而必须安装的依赖项数量，同时让我们在travis上运行更完整的测试套件。

我认为我可以使用travis.yml file中的r_packages:行简单地安装测试要求：

r_packages:
 - ROSE
 - DMwR

However, my NOT_CRAN=TRUE builds are still failing。（NOT_CRAN = FALSE运行正常，因为跳过了有问题的测试）

这真的很奇怪，如when I look at the build logs，我看到travis成功安装了我需要的所有软件包：

* installing *source* package â€˜ROSEâ€™ ...
** package â€˜ROSEâ€™ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** data
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (ROSE)

但是当我的测试运行依赖于那些包时，R无法找到它们：

> library(testthat)
> library(caret)
Loading required package: lattice
Loading required package: ggplot2
> 
> test_check("caret")
[1] "Reduced dimension to 3 by default. "
1 package is needed for this model and is not installed. (ROSE). Would you like to try to install it now?1. Error: check appropriate sampling calls by name -----------------------------

1: withCallingHandlers(eval(code, new_test_environment), error = capture_calls, message = function(c) invokeRestart("muffleMessage"), 
       warning = function(c) invokeRestart("muffleWarning"))
2: eval(code, new_test_environment)
3: eval(expr, envir, enclos)
4: caret:::parse_sampling(i) at test_sampling_options.R:14
5: checkInstall(pkgs)
6: stop()

testthat results ================================================================
OK: 62 SKIPPED: 0 FAILED: 1
1. Error: check appropriate sampling calls by name 

Error: testthat unit tests failed
Execution halted

（我认为）relevant line of code is here in caret's source code：

good <- rep(TRUE, length(pkg))
  for(i in seq(along = pkg)){
    tested <- try(find.package(pkg[i]), silent = TRUE)
    if(class(tested)[1] == "try-error") good[i] <- FALSE
  }

为什么find.package函数找不到travis安装的软件包？他们会去某个特殊的独立图书馆吗？

另外，另外，如何使我的travis构建更简洁？默认情况下，它们似乎打印了太多信息（例如，它回应了测试和手册运行的所有代码，甚至是没有错误的代码）。

Answer 1

在Travis上测试您的软件包时，R CMD check似乎正在寻找错误位置的已安装软件包。

我创建了一个小测试包来解决这个问题：

使用R CMD check在Travis上测试包时，.libPaths()包含：

c("/tmp/RtmpnQE1WM/RLIBS_29bd3940b7fa",
  "/usr/lib/R/library")

使用devtools::test()在Travis上测试包时，.libPaths()包含：

c("/usr/local/lib/R/site-library",
  "/usr/lib/R/site-library",
  "/usr/lib/R/library")

默认情况下，Travis上的R个软件包已安装到/usr/local/lib/R/site-library（即.libPaths()的第一个条目）。很明显，R CMD check正在寻找错误的地方。

原则上，我们可以使用--library的{{1}}参数指向正确的位置，但是当您使用R CMD check时，--as-cran默认为--library }。

最简单的解决方案可能是将所有软件包（特别是＆＃34;其他＆＃34;软件包/usr/lib/R/library和ROSE）安装到DMwR。有很多方法可以做到这一点。一种解决方案是添加

/usr/lib/R/library

到sudo mkdir -p /usr/lib/R/library echo 'R_LIBS=/usr/lib/R/library:/usr/lib/R/site-library/' > ~/.Renviron sudo chmod 2777 /usr/lib/R/library文件的before_install部分。

Answer 2

您可以克隆r-travis仓库并从您的副本中获取源代码。这样可以减少冗长。

关于＆＃34;找不到包裹＆＃34;：dunno。但Travis实例是一个普通的Ubuntu安装，所以你可以控制事物，通过回显到合适的~/.Rprofile等pp。我找到了旧 r-travis设置对我和recently blogged about one way to dramatically cut test times down更方便，更依赖于预先构建的r-cran-* .deb包。

迈克尔在他的回购中已经超过1000，你也可以通过PPA建立自己的回购。如果时间允许，我可以写另一篇博文，详细说明......

R无法找到travis安装的软件包

2 个答案: