Question

我知道您可以使用以下语法从CRAN安装软件包：

install.packages(c("Rcpp"), dependencies=TRUE)

您可以使用以下命令从CRAN更新所有这些内容：

update.packages()

另一方面，您可以使用以下命令从GitHub安装软件包（编译它们）：

install_github("hadley/tidyr")

如何升级所有GitHub包？

我的意思是不一次重新安装（和编译）它们。类似于update.packages()的github。

Answer 1

这对我有用。它遍历库中的所有包，而不仅仅是加载的包。

update_github_pkgs <- function() {

  # check/load necessary packages
  # devtools package
  if (!("package:devtools" %in% search())) {
    tryCatch(require(devtools), error = function(x) {warning(x); cat("Cannot load devtools package \n")})
    on.exit(detach("package:devtools", unload=TRUE))
  }

  pkgs <- installed.packages(fields = "RemoteType")
  github_pkgs <- pkgs[pkgs[, "RemoteType"] %in% "github", "Package"]

  print(github_pkgs)
  lapply(github_pkgs, function(pac) {
    message("Updating ", pac, " from GitHub...")

    repo = packageDescription(pac, fields = "GithubRepo")
    username = packageDescription(pac, fields = "GithubUsername")

    install_github(repo = paste0(username, "/", repo))
  })
}

Answer 2

library(devtools)

#' Update all github installed packages.
#'
#' This will trash any non-master branch installs, and spend time re-installing
#' packages which are already up-to-date.
update_github <- function() {
  pkgs = loadedNamespaces()
  print(pkgs)
  desc <- lapply(pkgs, packageDescription, lib.loc = NULL)
  for (d in desc) {
    message("working on ", d$Package)
    if (!is.null(d$GithubSHA1)) {
      message("Github found")
      install_github(repo = d$GithubRepo, username = d$GithubUsername)
    }
  }
}

# test it:
# install github version of tidyr
install_github("hadley/tidyr")
library(tidyr)
update_github()

如果你有任何比用户/ repo主分支更复杂的github安装，请不要运行它。如果你有很多github安装也要小心，因为这将盲目地重新安装它们，即使是最新的。这可能需要很长时间，如果github主分支不在最佳状态，也可能会破坏工作包。

详细了解devtools R/session_info.r。

Answer 3

2019更新：

软件包remotes（one of the "offspring" of devtools）中的函数update_packages()现在在从CRAN，GitHub等更新软件包方面做得很好。

您可能需要设置一些环境变量，以使其顺利运行。 The README of the package on GitHub列出了他们的名单。就我而言，这就是我所拥有的：

R_REMOTES_UPGRADE=always
R_REMOTES_NO_ERRORS_FROM_WARNINGS=true
GITHUB_PAT=<my GitHub personal access token>

设置好之后，您要做的就是：

remotes::update_packages()

更新所有软件包。

从GitHub更新所有包

3 个答案: