Question

我在python中有一个非常简单的脚本，它运行一个用户定义的函数（异类），它将序列（文本字符串）连接在一起非常大的文件，2个序列（行）。无论如何，正如我所写，它打印到屏幕上，但我想将所有输出写入单个文件。

f = open ("new", "r")
while True:
    line1 = f.readline()
    line1a = line1.split()
    line2 = f.readline()
    line2a =line2.split()
    if not line2: break

       tri="".join ([hetero(b1, b2) for (b1, b2) in zip(line1a[2], line2a[2])])

       print line1a[1]+"_"+line1a[0],tri

这只是向终端打印脚本的结果。所以我试着把结果（从打印命令“line1a [1] + .....”）写到另一个打开写入的文件（附加到脚本的末尾）：

out_file = open ("out.txt", "w")
out_file.write(line1a[1]+"_"+line1a[0],tri)
out_file.close()

但当然它不起作用。我不明白为什么虽然......我是否需要打开文件一起写入文件进行读取，以便它的外部循环？棘手的是脚本在整个文件中一次读取两行，并且每次都将ID信息和序列打印在一行中 - 我想将所有这些结果打印到单个文件中。

这是一个简单的修复我确定，但我不经常使用python，并且总是发现文件系统i / o很难处理。

Answer 1

每次打开文件进行写入都会被截断。如果您想要追加，可以在开头打开它并保持打开状态，或者改为以追加模式打开（a而不是w）。

此外，您应该使用with声明：

with open('new', 'r') as f, open('out.txt', 'w') as out:
    while True:
        ...

这将在块结束后自动为您调用close。

你也可以清理你的＆＃34;读一对线并将它们分开＆＃34;码。而不是while True:

from itertools import izip
pairs = ((l1.split(), l2.split()) for l1, l2 in izip(f, f))
for line1a, line2a in pairs:
    tri = ...

请注意，您要使用izip代替zip，或者只是立即将整个文件读入内存。

Answer 2

不确定您放置out_file代码的位置，但您可能会将其置于循环中并且每次传递都会打开和关闭。尝试像

这样的东西

with open('out.txt', 'w') as outfile, open("new", "r") as f:
    while True:
        line1 = f.readline()
        line1a = line1.split()
        line2 = f.readline()
        line2a =line2.split()
        if not line2: break

           tri="".join ([hetero(b1, b2) for (b1, b2) in zip(line1a[2], line2a[2])])

           #print line1a[1]+"_"+line1a[0],tri
           out_file.write(line1a[1]+"_"+line1a[0],tri)

编辑您会注意到我使用上下文打开了文件，我很喜欢这个，因为您不必担心以后关闭它，对我来说似乎更清楚文件打开多长时间

Answer 3

您正在使用此代码

out_file = open ("out.txt", "w")
out_file.write(line1a[1]+"_"+line1a[0],tri)
out_file.close()

每次迭代。注意＆＃39; w＆＃39; flag：这意味着您在每次迭代时再次打开文件并从start开始覆盖它。如果您想要附加到它，您可以使用标记＆＃39; a＆＃39;。

但还有更多：此代码

out_file = open ("out.txt", "w")
[while ...]
out_file.close()

应该在while循环之外，因为您只需要打开和关闭此文件一次。

Answer 4

如果你打开它，你只能打开循环内的文件：

out_file = open ("out.txt", "a")

注意附加模式的“a”。

如果使用“w”打开它，它将在循环的每次迭代时被覆盖。

您可以查看此Python files reference以了解详情。

将行写入文件python

4 个答案: