我使用了GitHub的instructions for scrubbing a file from the commit history，但它从我的系统中删除了有问题的文件。这对我来说是令人惊讶的，因为git rm --cached命令本身应该保持文件本身不受影响。但是，在该页面上的工作示例中也可以看到此行为：尝试在大ls命令之前和之后运行git filter-branch ...。
我正在使用Git 2.6.1。
如何在没有删除文件本身的情况下从提交历史中删除文件？显然我可以做一个备份（我在我的情况下做了），但这是一个解决方法，而不是解决方案。
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当git-filter-branch完成时，它会检出新的分支头。这会将您的工作目录更新为干净状态。你想要从历史中删除的文件已被删除。预先备份是解决方案。
如果您忘记备份，您仍然可以取回它！ Git需要花费很长时间才能解决问题，你的原始提交仍在那里。在git-filter-branch之后，将有一个名为original/refs/heads/master的分支（如果您过滤了主数据库），其中包含原始提交。您可以从那里恢复文件。
通常，您可以使用git reflog恢复过滤器和rebase。它是每次HEAD更改的日志（即您签出或重新绑定或合并或过滤或...）。例如，在执行Github过滤器示例后，git reflog是......
abaabaf (HEAD -> master, origin/master, origin/HEAD) HEAD@{0}: filter-branch: rewrite
8ef0c30 (refs/original/refs/remotes/origin/master, refs/original/refs/heads/master) HEAD@{1}: clone:
我可以使用8ef0c30或HEAD@{1}（即HEAD之前的位置）或original/refs/remotes/origin/master或original/refs/heads/master来回到之前的状态过滤器跑了。
答案 1 :(得分：4)
（需要说的是。）
使用git filter-branch时，您根据自己的（可能是错误的）规范以自动方式执行历史记录重写。因此，你应该备份你的回购，然后无论如何，或者在回购的新单独克隆上执行操作。
git filter-branch将指定的命令应用于每个适用的提交。但是，它不会检查您的工作副本中的那些提交来执行此操作。相反，默认情况下会将它们检出.git-rewrite/，或者使用-d选项将其检出。 （请参阅git filter-branch文档，选项 -d＆lt; directory＆gt; 。）
在重写了适用的提交后，Git会检出生成的新分支。由于这是从具有文件（该分支的预重写版本）的分支切换到没有文件的分支（该分支的重写后版本），因此该文件也从您的工作副本中删除。
好吧，做个备份。
（请注意，如果您正在重写所有分支和所有标记，则标记或分支将不是足够的备份，如https://help.github.com/articles/remove-sensitive-data/中的示例所示。）
请参阅Schwern's answer。