在R中找到3d空间中的最近点

Question

我的数据帧mydf有三个来自我的PCA的特征向量。我想根据三个特征向量（列e.1，e.2和e.3）确定哪个rowname彼此接近。在数学上，我可以使用如下所示的欧几里德距离公式：

然后，我需要将其绘制到各个点，并能够从图中确定关系。

mydf<-
structure(c("-0.013692", "-0.012993", "-0.014427", "-0.01494", 
"-0.014326", "-0.013538", "-0.00877", "-0.011291", "-0.007758", 
"-0.010291", "-0.006252", "-0.009363", "0.002385", "-0.000187", 
"0.003553", "-0.000317", "0.002357", "0.003262"), .Dim = c(6L, 
3L), .Dimnames = list(c("1749742002_A", "1749742086_A", "1749742184_A", 
"1749742205_A", "1749742207_A", "1749742218_A"), c("e.1", "e.2", 
"e.3")))