Question

我有一个制表符分隔文件，如

A   B   0.5
A   C   0.75
B   D   0.2

我想将其转换为方阵，如

       A      B      C       D
A      0     0.5    0.75     0
B             0      0      0.2 
C                    0       0
D                            0

我怎样才能在R中解决这个问题？谢谢，

Answer 1

如果数据框中的数据包含以下列名称：

Var1    Var2    value

你可以使用

xtabs(value ~ Var1 + Var2, data = df)

请参阅plyr包以获取更多常规数据重塑功能。

Answer 2

另一种方法（不像JoFrhwld那样优雅）

df<- read.table(textConnection("
Var1    Var2    value
A   B   0.5
A   C   0.75
B   D   0.2
"),header = T)


lev = unique(c(levels(df$Var1),levels(df$Var2)))
A = matrix(rep(0,length(lev)^2),nrow=length(lev))
colnames(A) = lev
rownames(A) = lev
apply(df,1,function(x) A[x[1],x[2]]<<-as.numeric(x[3]))

> A
  A   B    C   D
A 0 0.5 0.75 0.0
B 0 0.0 0.00 0.2
C 0 0.0 0.00 0.0
D 0 0.0 0.00 0.0
>

Answer 3

我猜这是一个图的加权邻接矩阵。如果是这样，您可能会对igraph包感兴趣，将数据读取为加权边列表。

制表符分隔为方形矩阵

3 个答案: