Question

我有一个data.frame1：

BIN     CHR     BP1             BP2             Score   Value
12      chr1    29123222        29454711        -5.7648 599
116     chr13    45799118        45986770        -4.8403 473
117     chr5    46327104        46490961        -5.3036 536
121     chr6    50780759        51008404        -4.4165 415
133     chr18    63634657        63864734        -4.8096 469
147     chr1   77825305        78062178        -5.4671 559

我有第二个data.frame2，如：

    CHR     SNP             A1      A2      BP        INFO    OR      SE      P      NGT   
    chr1    rs10900604      A       G       29204555  0.774   1.01582 0.0143  0.2723  0
    chr3    rs12132517      A       G       79880711  0.604   0.98334 0.0253  0.5071  2
    chr14    rs11240777      A       G       79895429  0.818   0.98817 0.0139  0.3907  27
    chr18    rs147634896     T       C       63789900  0.623   1.02634 0.0259  0.3161  0
    chr6    rs143609865     A       T       77934001  0.617   1.01562 0.0317  0.6254  0

我感兴趣的是保持data.frame2中与以下crirteria匹配的所有行：它们在data.frame1中的任何行的BP1和BP2之间具有相同的CHR和BP值。

例如，data.frame2的第一行有＆＃34; chr1＆＃34;还有一个＆＃34; BP＆＃34;其中一个BP范围来自data.frame1。请注意，它不属于第7行的范围，但它确实属于第1行的范围。我想将此行保留在data.frame2

中

另一个例子，data.frame2的第4行有＆＃34; chr18＆＃34;和BP 63789900，它位于data.frame1中第5行的BP范围内（BP1和BP2之间）。我想将此行保留在data.frame2

中

最后的例子。请注意，data.frame2中的第5行的数据为BP 77934001，该数据位于data.frame1中第6行的BP1和BP2范围内。然而在data.frame2＆＃34; chr6＆＃34;与＆＃34; chr1＆＃34;不匹配。我想删除这一行。

我还想删除所有其他不同时匹配CHR和BP范围的行。

我想的是，如果循环有CHR1 = CHR2，BP＆gt; BP1和BP

Answer 1

这应该使用基础R：

# merge the relevant data
dfmerge = merge(df1[c("CHR", "BP1", "BP2")], df2, by = "CHR")

# delete unwanted rows
dfmerge = dfmerge[(dfmerge$BP > dfmerge$BP1 & dfmerge$BP < dfmerge$BP2),]

# clean up columns
dfmerge[c("BP1", "BP2")] = list(NULL)

通常，SQL可以做到这一点，简洁明了：

library(sqldf)

sqldf("select df2.*
       from df2 inner join df1
       on df2.CHR = df1.CHR
       and df2.BP between df1.BP1 and df2.BP2")

Answer 2

以下是dplyr方法：

d %>%
  left_join(d2) %>%
  filter(BP >= BP1 & BP <= BP2)

如何删除介于两个其他列值之间的行？

2 个答案: