Question

我有一个GRanges对象，我想扩展所有范围，例如两侧1kb，因此每个范围将变为2kb。这很奇怪，但我无法使用inter-range-methods GenomicRanges或IRanges来做到这一点。产生所需结果的一种方法是使用两次调整大小，以首先扩展5＆＃39;然后是3＆＃39;。但这当然非常尴尬。难道没有更直接的方法吗？请建议

gr <- GRanges(c('chr1','chr1'), IRanges(start=c(20, 120), width=10), strand='+')
gr <- resize(gr, fix='start', width=width(gr)+10)
gr <- resize(gr, fix='end', width=width(gr)+10)
gr

Answer 1

这非常简单。您可以在start中使用end和GenomicRanges个功能。

gr <- GRanges(c('chr1','chr1'), IRanges(start=c(20, 120), width=10), strand='+')
gr
# GRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
#       seqnames     ranges strand
#          <Rle>  <IRanges>  <Rle>
#   [1]     chr1 [ 20,  29]      +
#   [2]     chr1 [120, 129]      +
#   -------
#   seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths

start(gr) <- start(gr) - 10
end(gr) <- end(gr) + 10
gr
# GRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
#      seqnames     ranges strand
#         <Rle>  <IRanges>  <Rle>
#  [1]     chr1 [ 10,  39]      +
#  [2]     chr1 [110, 139]      +
#  -------
#  seqinfo: 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths

Answer 2

GRanges支持诸如 - 和+

之类的运算符

gr + 10

会做到这一点。

Answer 3

三年后，但是...

一种直接的方法是使用带有 fix 参数的GRanges的调整大小方法：

gr <- resize(gr, width = width(gr)+(desired_size*2), fix = "center")

Answer 4

您可以使用OrderByDescending：

flank

扩展两个方向的范围

4 个答案: