我该如何优化这个pymc代码?

时间:2016-01-04 17:25:38

标签: pymc pymc3

我想用pymc3:

对一个简单的Ising模型进行推理
mu = pm.Uniform('mu', lower=0, upper=1, shape=(N,1))
energy = mu.T * W * mu + f.T * mu
logp = pm.Potential('logp', energy)
start = model.test_point
step = pm.NUTS(vars=[mu])
print 'creating NUTS took', time.time() - t0

但是,最后一个pm.NUTS步骤平均需要2分钟才能完成,并且还会使用~1 GB的内存。这是N = 15,所以一个非常小的模型。关于加速这个的任何提示?它已经在使用非常基本的操作,二阶信息应该易于计算。

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