awk使用标题字段来计算字段

Question

我正在尝试使用mvn verify计算标头并将其用作字段编号。我的问题有两个：

awk已接近，但我需要一些专家帮助以使其更好。谢谢你:)。

1. awk as忽略字段标题并使用文本定义字段（有时字段5以NM_开头，其他时间是LRG_），如RefSeqGene.txt所示。我认为这是因为并非所有字段都有文本，但标题是一致的。

2. 我只想拉出awk =“参考标准”

的行

AWK

$10

面板genes.txt的示例（用于搜索RefSeqGene.txt）

awk 'FNR==NR {E[$1]; next }$3 in E {print $3, $5}' panel_genes.txt     RefSeqGene.txt > update.txt

RefSeqGene.txt的例子

ACTA2
BRAF
BHLHB9

所需的输出

#tax_id GeneID  Symbol  RSG LRG RNA t   Protein p   Category
9606    59  ACTA2   NG_011541.1     NM_001613.2     NP_001604.1     reference standard
9606    59  ACTA2   NG_011541.1     NM_001141945.1      NP_001135417.1      reference standard
9606    673 BRAF    NG_007873.3 LRG_299 NM_004333.4 t1  NP_004324.2 p1  reference standard
9606    80823   BHLHB9  NG_021340.1     NM_001142524.1      NP_001135996.1      aligned
9606    80823   BHLHB9  NG_021340.1     NM_001142525.1      NP_001135997.1      aligned
9606    80823   BHLHB9  NG_021340.1     NM_001142526.1      NP_001135998.1      aligned

Answer 1

这个单行提供了您想要的输出：

 awk 'FNR==NR{a[$0];next}
     $(NF-1)$NF=="referencestandard" && $3 in a{print $3, ($5~/^NM_/?$5:$6)}' file1 file2

• $(NF-1)$NF=="referencestandard"会检查您的$10
• 如果$5以NM_开头，我们会接受，否则，我们会$6