Question

我的程序应执行单词和文本的平行不同轮换。

如果您不知道这意味着什么：旋转＆＃34; BANANA＆＃34;是

香蕉
ANANAB
NANABA
ANABAN
菜花
ABANAN

（只需将第一个字母放到最后。）

vector<string> rotate_sequentiell( string* word )
{
vector<string> all_rotations;

for ( unsigned int i = 0; i < word->size(); i++ )
{
    string rotated = word->substr( i ) + word->substr( 0,i );
    all_rotations.push_back( rotated );
}

if ( verbose ) { printVec(&all_rotations, "Rotations"); }


return all_rotations;
}

我们应该能够做到这一点。我想把两个字母一次移到最后，而不是只移动一个字母，所以例如我们采取香蕉以te＆＃34; BA＆＃34;到最后并获得NANA BA，这是上面列表中的第三个条目。

我像这样实现了它

vector<string> rotate_parallel( string* word )
{
vector<string> all_rotations( word->size() );

#pragma omp parallel for
for ( unsigned int i = 0; i < word->size(); i++ )
{
    string rotated = word->substr( i ) + word->substr( 0,i );
    all_rotations[i] = rotated;
}

if ( verbose ) { printVec(&all_rotations, "Rotations"); }

return all_rotations;
}

我预先计算了可能的旋转次数并使用了#pragma omp parallel，所以它应该按照我的想法行事。

为了测试这些功能，我有一个40KB的大文本文件，意图是＆＃34;旋转＆＃34;。我想拥有一个巨大文本的所有不同轮换。

现在发生的事情是，顺序过程需要4.3秒，而并行程序需要6.5秒。

为什么会这样？我做错了什么？

这是我衡量时间的方式：

clock_t start, finish;
start = clock();
bwt_encode_parallel( &glob_word, &seperator );
finish = clock();
cout << "Time (seconds): "
     << ((double)(finish - start))/CLOCKS_PER_SEC;

我用

编译我的代码

g ++ -O3 -g -Wall -lboost_regex -fopenmp -fmessage-length = 0

Answer 1

与顺序版相比，并行版有2个额外工作源：（1）启动线程的开销，和（2）线程之间的协调和锁定。

（1）的影响当数据集变大时应该减少，并且可能无论如何都不值2秒，但这将设置并行化小作业的限制。

（2）在你的情况下可能主要是由omp为线程分配任务，以及不同的线程为2个中间子串进行内存分配和最后的字符串＆＃34;旋转＆＃34; - 内存分配例程可能必须先得到一个全局锁，然后才能为你保留一块堆。

在单个线程中预分配最终存储并指导OMP在每个线程的大（2048）次迭代块中运行并行循环，从而倾斜结果以支持并行执行。对于单线程，我得到大约700ms，对于多线程版本，我得到大约330ms，代码如下：

 enum {SZ = 40960};
 std::string word;
 word.resize(SZ);
 for (int i = 0; i < SZ; i++) {
   word[i] = (i & 127) + 1;  // put stuff into the word
 }
 std::vector<std::string> all_rotations(SZ);
 clock_t start, finish;
 start = clock();
 for (int i = 0; i < (int)word.size(); i++) {
   all_rotations[i].reserve(SZ);
 }
 #pragma omp parallel for schedule (static, 2048)
 for (int i = 0; i < (int)word.size(); i++) {
   std::string rotated = word.substr(i) + word.substr(0, i);
   all_rotations[i] = rotated;
 }
 finish = clock();
 printf("Time (seconds): %0.3lf\n", ((double)(finish - start))/CLOCKS_PER_SEC);

最后，当您需要挖掘轮廓转换的结果时，您不一定需要N个包含N个字符的字符串副本。它可以节省空间和处理，将字符串视为环形缓冲区，并从缓冲区中的不同偏移量读取每个旋转。

并行for比连续慢

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