Question

seqdist（）中是否存在内存瓶颈？

我是一名研究员，在拥有64 GB内存的Windows x64计算机上使用注册数据。我们的数据由60,000人组成，目前我处理的数据大约有220万行SPELL格式。我无法在其上运行seqdist（方法=＆＃34; OM＆＃34;，indel = 1，sm =＆＃34; TRATE＆＃34;，with.missing = TRUE，full.matrix = FALSE），错误消息与in here相同，其中重要部分似乎指向不够大的内存：＆＃34;不允许负长度向量＆＃34;。

好的，但是seqdist（）似乎并没有利用我的整个RAM。现在我在40,000人的样本上运行它，似乎经历了，但R使用的内存不到2 gbs。如果我对60,000人运行seqdist（），我会收到错误。

某处可能有2 ^ 31-1的大小限制吗？

计算病房群集很容易利用所有可用的RAM。我已经使用了高达40 GB的RAM，至少证明R能够利用大量的RAM。

编辑：最大案例数正好是46341.警告但是，如果大小＆lt; = 46341，则会占用内存。例如：

library(TraMineR)

id <- seq(from=1, to=46342, by=1)
set.seed(234324)
time1 <- sample(seq(from=1, to=3, by=1), size=46342, replace=TRUE)
time2 <- sample(seq(from=1, to=3, by=1), size=46342, replace=TRUE)
time3 <- sample(seq(from=1, to=3, by=1), size=46342, replace=TRUE)

testdata <- data.frame(id, time1, time2, time3)

testseq <- seqdef(testdata, 2:4)

testdist <- seqdist(testseq, method="OM", indel=1, sm="TRATE", full.matrix=FALSE)

seqdist中的内存瓶颈？

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