将函数应用于行R的每个组合

Question

说我有一个1802乘2的坐标矩阵（经度/纬度）coord每行代表一个空间点。

   [,1]     [,2]
[1,] -90.0   -5
[2,] -87.5   -5
[3,] -85.0   -5
[4,] -82.5   -5
[5,] -80.0   -5
[6,] -77.5   -5

我使用geosphere包distGeo函数计算两点p1和p2之间的测地距离，即

distGeo(coord[1,],coord[2,])

我想建立coord

中每个点之间距离的对称度量矩阵（即1802 * 2,1802 * 2）

尝试循环

for (i in 1:nrow(coord)){ 
 for (j in 1:nrow(coord)){
  distGeo(coord[i,],coord[j,])
 }
 }

需要永远（甚至使用doMPI和chunking），据我所知outer只能使用长度为1的参数。

有什么想法吗？

Answer 1

我没有在R中找到解决方案，而是通过Rcpp使用C ++循环解决方案，只需0.3秒即可运行。

基本步骤：

1 /将纬度/经度坐标转换为n向量（每个点是3d向量）

2 /为每个point_i，j创建一个函数来计算C ++中两者的crossproduct，dotproduct和atan2（遵循描述的算法here）。输入是具有每个点n向量的NumericMatrix。结果是一个NumericMatrix，其中包含每个点之间的角度（以弧度表示）。

3 /使用Rcpp，你只需从R调用函数即可！