Bash循环遍历不同目录中的文件并打印输出

Question

我在目录*.vcf中有*.vcf.vcfidx，*.vcf.idx和/mypath/mydir/个文件。我想仅使用下面的命令（对于文件1）循环.vcf文件：

一个vcf文件的

命令：

vcf-subset -c sample.txt vcffile1.vcf | bgzip  -c > output_vcfile1.vcf_.vcf.gz

有人可以帮助循环遍历所有.vcf（不是vcf.vcfidx或vcf.idx）文件，并使用上面显示的命令获取指定目录/get/inthis/dir/中每个文件的输出吗？ / p>

Answer 1

只需使用glob模式*.vcf：

for i in *.vcf; do echo "$i"; done

glob模式*.vcf将仅匹配以.vcf结尾的文件。

你的命令：

for i in *.vcf; do
    vcf-subset -c sample.txt "$i" | bgzip  -c > /get/inthis/dir/output_"$i"_.vcf.gz
done

如果您必须在特定目录中搜​​索.vcf个文件，例如/foo/bar/，执行：

for i in /foo/bar/*.vcf; do
    vcf-subset -c sample.txt "$i" | bgzip  -c > /get/inthis/dir/output_"${i##*/}"_.vcf.gz
done