修改热图上的轴和标签

Question

我正在尝试使用R来创建热图以显示我的数据的突变分布。

这是我数据的快照

TCGA_ID         Gene_Name   Effect
TCGA-A5-A0VP    FCGR2A      splice_donor_variant
TCGA-BG-A18B    FCGR2A      splice_donor_variant
TCGA-A5-A0VO    FCGR2A      stop_gained

我想绘制一个热图，其中x轴是＆＃34; TCGA_ID＆＃34;和Y轴是＆＃34; Gene_name＆＃34;并使用＆＃34;效果＆＃34;作为填充物。

我使用此代码创建热图

library(ggplot2)

all_data<- read.table("subset.txt", sep= "\t", header = T)
all_data.m <- melt(all_data)
p <- ggplot(all_data.m, aes( x=TCGA_ID , y= Gene_Name)) + geom_tile(aes(TCGA_ID) , colour= "blue") 

这是情节的样子

我的问题是：

1）如何扩展Y轴以使标签不在彼此之上

2）如何更改X轴上的标签，使它们垂直并因此可读

3）如何根据不同类型的＆＃34;效果＆＃34;来改变颜色。 。我需要使用scale_fill_manual这样的东西吗？

我的目标是创建一个看起来像这样的热图

Answer 1

未经测试，但应该有效：

1）更改字体或图像的大小，看不到任何其他解决方案。

2） 在此添加一些内容：

p <- p + theme(axis.text.x  = element_text(angle=90, vjust=0.5, size=16))

更多关于轴：Axes_ggplot2

3）在colour = Effect中的aes()内添加geom_tile()。