Question

如果已经提出要求，请提前道歉，但我花了数小时寻找答案。我是Python的新学生（3.5.1，Windows 10），我的任务是编写一个函数来读取Fasta文件的内容（其名称由用户提供）并创建一个新文件（名称也给出用户，可以是.fasta或.txt），Fasta序列为大写。格式化fasta文件，因此序列的标题前面有一个插入符号，后面的行是字符（我想要大写的字符）。一个fasta文件可能在整个文件中包含多个＆gt;行，我不想大写这些行。

import sys
def fasta_upper(fasta_input_file, fasta_output_file):
    fasta_input_file = sys.argv
    with open('fasta_input_file', 'r') as f:
        file_contents = f.read()
        temp_contents = file_contents[:]
        for line in temp_contents:
            if line.startswith('>'):
                pass
            else:
                g = line.upper()
                open('fasta_output_file', 'w')
                fasta_output_file.write(g)
                fasta_input_file.close()
                fasta_output_file.close()

例如这个Fasta文件：

序列名称 cgtatgggggtattccgtagctctgctgacgcgcttatatttagc cgctcgatctggaggactctgcgatcgcggcatcgagctagcggc

会这样写：

序列名称 CGTATGGGGGGTATTCCGTAGCTCTGCTGACGCGCTTATATTTAGC CGCTCGATCTGGAGGACTCTCGATCGCGGCATCGAGCTAGCGCGGC

我确信这只是明显的错误，但我又是一名学生正在努力学习。请温柔！提前感谢您的任何建议或提示，我非常喜欢Python，我想克服这种挫折感，成为一个更富裕的程序员:)

Answer 1

一些更正/改进：

1）如果使用“with”语句打开文件，则不必显式关闭它。这是为你做的。

因此不需要{p>

package com.gpstracker;

import javafx.application.Application;
import javafx.event.ActionEvent;
import javafx.event.EventHandler;
import javafx.geometry.Insets;
import javafx.geometry.Rectangle2D;
import javafx.scene.Scene;
import javafx.scene.control.Button;
import javafx.scene.control.TextField;
import javafx.scene.layout.VBox;
import javafx.stage.Screen;
import javafx.stage.Stage;

public class GPSTracker extends Application {

    @Override
    public void start(Stage stage) {
        TextField t1 = new TextField();

        TextField t2 = new TextField();

        Button button = new Button("Show Location");
        button.setOnAction(new EventHandler<ActionEvent>(){
            @Override
            public void handle(ActionEvent event) {
                PositionService positionService = PlatformFactory.getPlatform().getPositionService();
                Position position = positionService.getPosition();
            }
        });

        VBox root = new VBox(20);
        root.setPadding(new Insets(20));
        root.getChildren().addAll(t1, t2, button);

        Rectangle2D visualBounds = Screen.getPrimary().getVisualBounds();
        Scene scene = new Scene(root, visualBounds.getWidth(), visualBounds.getHeight());

        stage.setScene(scene);
        stage.show();
    }

}

。

2）对于不以'＆gt;'开头的每一行，此代码打开'fasta_output_file'，覆盖该行然后关闭它。相反，你需要做的就是这个。

在'with'语句之前初始化变量outfile（这样你就不必在循环内打开和关闭）fasta_input_file.close()

在else语句中写入文件（outfile = open('fasta_output_file', 'a')应该在else语句中）。

退出'with'语句后关闭输出文件。 outfile.write(g)

还有几点：

您需要在打开文件时创建的文件对象上调用write（）和close（）方法。

此外，您将文件名作为参数传递给函数，并尝试从命令行参数读取。你只需要做两个中的一个。

Answer 2

您使用dtNoOfHours.Value = duration.TotalHours;立即覆盖传递的fasta_input_file。目前还不清楚名称是来自来电者还是来自参数。
sys.argv是参数序列。您可能想要第二个sys.argv。
您将字符串与名称混淆。 sys.argv[1]与'fasta_input_file'不同。
当您使用fasta_input_file读取文件时，它将变为字符串。迭代字符串会产生单个字符而不是整行。
而不是检查条件，然后执行read()，如果符合条件，请检查pass该条件，然后在那里做任何需要做的事情。
not再次与'fasta_output_file'不一样。
您打开了输出文件但未保存引用（例如fasta_output_file）或创建上下文管理器（例如out = open(...）。
您正在关闭单个＆＃34;行之后的输入和输出文件。＆＃34;

以下是您的代码可能看起来像这些错误的示例：

with open(...) as out:

Answer 3

import sys
import re

if len(sys.argv) < 3:
    print('Usage:\n\t{} <input file> <output file>'.format(sys.argv[0]))
    sys.exit(1)

pattern = re.compile(r'\b[acgturykmswbdhvnx\-]+\b', re.M)

def repl(m):
    return m.group(0).upper()


with open(sys.argv[1], 'r') as in_fh, open(sys.argv[2], 'w') as out_fh:
    for line in in_fh:
        if line.startswith('>'):
            out_fh.write(line)
        else:    
            out_fh.write(pattern.sub(repl, line))

Python - 读取文件内容并使用大写内容创建新文件的函数

3 个答案: